La Tercera Temporada de 24 se estrenó el 28 de octubre de 2003 y tiene 24 episodios.

Resumen: Tres años después del ataque biologico contra David Palmer, Jack trabaja como Director de Operaciones de Campo en la CTU. Unos hombres dejan un cuerpo infectado por un neumovirus en el Servicio Nacional de Salud, poco después la CTU recibe una llamada amenazando con liberar el virus si Ramón Salazar, a quien Jack apresó, no es liberado. Kim que ahora trabaja en la CTU mantiene una relación con Chase Edmunds el compañero de Jack. Cuando un intento de detener a un portador del virus sale muy mal, Jack apremia a Palmer a dejarlo operar como fugitivo, liberando a Salazar y llevándolo a México. Entonces es revelado que toda la operación se había planeado para volver a infiltrar a Jack con los Salazar (Jack era ahora fugitivo y traidor en los EE.UU) para ganarse su confianza en el intercambio del virus que pronto tendría lugar. Mientras tanto, Palmer tiene que enfrentarse a escándalos internos, uno de los principales colaboradores de campaña de Palmer, Alan Milliken, ha descubierto que Wayne mantenía una relación con su esposa Julia. Este colaborador trata de chantajear a Palmer obligándolo a despedir a Wayne si no quiere que el sabotee la votación de una ley que lleva años preparando. A sabiendas que está ante un reto difícil, David decide llamar a su ex mujer Sherry para contraatacar. Pero con el tiempo eso empeora la situación. El intercambio en México sale mal cuando Nina Myers aparece y gana la subasta. Jack la captura y la utiliza para conseguir el virus. Pero el vendedor, Michael Amador traiciona a Nina y huye de vuelta a Los Angeles para entregar el virus a Stephen Saunders, un agente de MI-6 supuestamente muerto en la Operación Nightfall. La CTU detiene a Amador pero no puede evitar que libere el virus en un hotel. Saunders tiene repartido el virus en 11 viales en todo Estados Unidos en manos de terroristas bajo su mando y empieza a efectuar demandas desde la revelación de una lista con los agentes encubiertos de Estados Unidos a lo largo de todo el mundo, hasta exigir el asesinato de un alto mando de División (una organización reguladora de las agencias de defensa). La CTU encuentra a Jane la hija de Saunders y la usan para encontrarle pero este secuestra Michelle y fuerza a Tony a ayudarle a escapar. Jack descubre a Tony y Saunders es detenido en el intercambio de rehenes. Para obligarle a revelar el paradero de los viales Jack le amenaza con meter a Jane en el hotel infectado. 10 de los viales son encontrados y los terroristas detenidos, pero para encontrar el último Jack y Chase tienen que hacer un gran sacrificio. Tony es detenido por traición y Palmer descubre que ha tenido que hacer con un gran sacrificio y tras el resultado decide dejar la campaña por la Presidencia.

Capítulo 1: 1:00 PM - 2:00 PM
La muerte de un joven a causa de un neumovirus altamente contagioso pone en alerta al Centro Nacional de Salud y a la UAT. Su propagación puede acabar con la vida de un millón de personas en una semana. Por eso, Jack Bauer y su nuevo hombre de confianza y novio de su hija Kim -que actualmente también trabaja en la UAT-, Chase Edmunds, se ponen manos a la obra. Ambos comprueban que detrás de esta terrible amenaza se encuentra Ramón Salazar, un narcotraficante mejicano que Bauer encarceló tras vivir seis meses infiltrado en su organización.

Capítulo 2: 2:00 PM - 3:00 PM
El Servicio Nacional de Salud informa a la UAT de que el virus puede transportarse en forma cristalizada y adoptar un aspecto muy similar al que la cocaína. Poco después, Jack y Chase acuden a la casa donde vivía el "camello" muerto por el virus y allí descubren que un joven llamado Kyle Singer hará una entrega esa misma tarde. Jack sale en busca de Kyle y no deja que Chase vaya con él, ya que parece que trata de protegerle desde que Kim le ha confesado que salen juntos. Por otro lado, Wayne Palmer informa a su hermano David de que tiene el guión que su oponente en las Elecciones piensa utilizar en el debate de esa noche. Aunque, en principio, el presidente se niega a leerlo, lo hace cuando Wayne le asegura que hay algo sobre Anne, su nueva pareja sentimental.

Capítulo 3: 3:00 PM - 4:00 PM
Mientras Jack Bauer se dirige a la casa de Kyle Singer, el "correo" que transporta la droga infectada, el virus es liberado al romperse la bolsa que lo contiene. Kyle huye de su casa, y al llegar Jack Bauer con los equipos médicos, no descubre restos del virus en la droga. Lo más seguro es que el virus esté siendo transportado en el propio cuerpo de Kyle. La UAT centra su búsqueda en la localización del muchacho antes de que exponga el virus que lleva a la población.

Capítulo 4: 4:00 PM - 5:00 PM
Tras escapar con Kyle Singer la única oportunidad de controlar el virus, Jack Bauer llama al presidente Palmer. A la vista de que el presidente no negocia con terroristas, le propone una solución desesperada. El propio Bauer liberará a Salazar y lo entregará a su hermano, evitando que el virus sea liberado a la población sin comprometer la política del presidente en materia terrorista. El presidente acepta recordando a Jack que está será su última misión, ya que no podrá protegerle esta vez y se convertirá en un fugitivo el resto de su vida.

Capítulo 5: 5:00 PM - 6:00 PM
El motín que provoca Jack Bauer sacar de la cárcel a Ramon Salazar se descontrola, y acaban como rehenes de los presos. Kyle Singer, retenido por los hombres de Salazar, es encontrado por la UAT, pero esta información no llega a tiempo a Jack Bauer que huye con Salazar sin saber que la amenaza del virus está controlada. 
En la UAT la ayudante de Bauer descubre la adicción a las drogas de Jack, hecho que comunica a su hija Kim.

Capítulo 6: 6:00 PM - 7:00 PM
Tras la huida de Jack con Ramon Salazar la obsesión de la UAT es comunicar a Jack que el portador del virus ha sido localizado y capturado. Si no es posible tal comunicación el helicóptero será derribado. Ryan Chapelle (jefe de la división) se hace cargo de la UAT mientras Tony sigue hospitalizado, y reclama al presidente Palmer para confirmar la acción de derribar el helicóptero en el que escapa. Esto provoca que Palmer abandone el debate de repente, ante el asombro de los asistentes, alegando una emergencia nacional.

Capítulo 7: 7:00 PM - 8:00 PM
Gael encierra a Kim en la sala de archivos al verse descubierto. Mientras, Chapelle reúne a su equipo y les anuncia que el objetivo, una vez que se sabe que Kyle no porta el virus, es encontrar a Salazar. Adam descubre a Kim y pronto, Gael es detenido. La chica les dice a sus compañeros que ha descubierto que Gael está compinchado con los Salazar y Chapelle decide someterle a una dura tortura para obtener información.

Capítulo 8: 8:00 PM - 9:00 PM
Tony llama a Palmer para mostrarle un vídeo en el que Jack explica que la amenaza del virus era una mentira ideada para poder hacerse con un virus real que está en manos de unos ucranianos y que esperan vender en EEUU. El plan es convencer a los Salazar de que compren el virus para poder venderlo luego a algún grupo terrorista y sacar mucho dinero. Previamente, Jack se habrá ganado otra vez la confianza de Héctor Salazar liberando a sus hermano Ramón de la cárcel. Si los Salazar compran, Jack se podrá hacer con el virus. A Palmer no le gusta que no se haya contado con él y Ramón Salazar sigue sin confiar en Bauer

Capítulo 9: 9:00 PM - 10:00 PM
Los hombres de Salazar empiezan a torturar a Chase para sacarle información. Poco después, entrará una nueva aspirante a hacerse con el virus, y que terminará haciéndose con él: Nina Myers, la mujer que mató a la esposa de Jack. Chapelle monta en cólera por no poDer localizar a Jack, y Tony hace lo posible para arreglar la situación, aunque no confían en él porque está convaleciente de la herida. Palmer sigue con problemas.

Capítulo 10: 10:00 PM - 11:00 PM
Jack se va a encontrar de nuevo, cara a cara, con Nina Myers, mientras que la situación de Chase, torturado por el clan Salazar, es cada vez más complicada. Palmer, cada vez más presionado, decide contar con su ex mujer, Sherry, para que le eche una mano.

Capítulo 11: 11:00 PM - 12:00 AM
La situación se complica cada vez más, con Jack, Nina y los Salazar en máxima tensión, al igual que Palmer, que le explica a Sherry qué quiere de ella para afrontar la situación.

Capítulo 12: 12:00 AM - 1:00 AM
La UAT está lista para intervenir y hacerse con el virus, mientras que Nina sigue insistiéndole a Ramón con que Jack es de la UAT, pero no se lo cree. Sherry sigue su plan para ayudar a su marido, mientras que, en la UAT, Alan le dice a Kim que es imposible que el bebé sea de Cloe.
Todo se prepara para la entrega de virus, en México.

Capítulo 13: 1:00 AM - 2:00 AM
Amador es la clave, ya que continúa con el virus en su poder. La tarea de localizarle se va a complicar aún más cuando un virus informártico entre en la red de la UAT e impida la conexión entre agencias. Por su parte, tanto Palmer como Cloe, cada uno por causas diferentes, tendrán que enfrentarse a situaciones comprometedoras.

Capítulo 14: 2:00 AM - 3:00 AM
Palmer reúne a todos los dispositivos de emergencia, ya que Amador está en Los Ángeles con suficiente virus para afectar a toda la ciudad. Poco después, el presidente tendrá que mentir para asegurar su posición. En la UAT, Nina huirá dejando varios muertos a sus espaldas.

Capítulo 15: 3:00 AM - 4:00 AM
Chapelle quiere apartar a Jack del caso por haber matado a un testigo fundamental, mientras que en la UAT estrechan el cerco a Alvers. Sherry sigue con probemas por su intento de ayuda a su ex marido, el presidente Palmer.

Capítulo 16: 4:00 PM - 5:00 AM
Jack y Chase, de nuevo juntos, piensan que Amador les llevará, por fin, al hombre que tiene el virus en su poder. Palmer vuelve a llevarse una decepción con Sherry.

Capítulo 17: 5:00 AM - 6:00 AM
Saunders obliga a Palmer a mantener una rueda de prensa y luego ordena la muerte de un agente que puede localizarle. Jack sigue a una mujer que le lleva hasta Saunders, pero se encontrará con alguna sorpresa por el camino. Por otro lado, así como los síntomas de Gael empeoran, Michelle descubre la forma de paliar el sufrimiento de las víctimas del hotel.

Capítulo 18: 6:00 AM - 7:00 AM
Jack y Chase corren a contrarreloj para capturar a Saunders antes de que muera, mientras Chappelle planea escapar. Por otro lado, Michelle investiga desesperadamente y se da cuenta de que un cliente infectado del hotel puede que haya dormido sobre sus manos.

Capítulo 19: 7:00 AM - 8:00 AM
Jack trabaja con Kim sobre un trabajo secreto que puede ayudarles a localizar a Saunders. Palmer informa a su gabinete de la crisis, mientras Saunders hace otra demanda. La persecución detecta al hombre que abandonó el hotel y se da cuenta que el virus se extiende entre la gente.

Capítulo 20: 8:00 AM - 9:00 AM
Jack intenta utilizar a la hija de Saunders como palanca para ganar ventaja y controlar el virus. Michelle consigue los resultados de su prueba, mientras Adán ve que el virus se está expandiendo cerca de su casa. Tony se encuentra comprometido cuando Saunders explota su única debilidad.

Capítulo 21: 9:00 AM - 10:00 AM
Tony trabaja para liberar a Jane antes de que Saunders pueda dañar a Michelle, pero Chloe y Jack se vuelven sospechosos por sus actividades. Sherry encuentra al rival político de Palmer y le chantajea con un trato.

Capítulo 22: 10:00 AM - 11:00 AM
Jack tiene un conflicto con Tony, ya que el tiempo para cambiar de rehén se acerca. Keeler encuentra a Palmer y le exige su dimisión, mientras Wayne empieza una operación secreta contra Sherry.

Capítulo 23: 11:00 AM - 12:00 PM
Jack abre el sobre para forzar a Saunders a revelar el lugar de los frascos que faltan. Sherry queda con David para hablar de sus condiciones, mientras Wayne irrumpe en su para encontrar pruebas incriminatorias. Tony se enfrenta a una dura pena por sus esfuerzos por salvar a Michelle.

Capítulo 24: 12:00 PM - 1:00 PM
Se acerca el final: Jack y Chase deben hacer un sacrificio muy Tony es capaz de ayudar a Jack justo antes de que él sea detenido, mientras una víctima enfadada trata de vengarse de Saunders. Palmer sorprende en su elección de carrera tras la muerte de Sherry.

Segunda Temporada
Primera Temporada
24