La Sexta Temporada de House se estrenó el 21 de septiembre de 2009 y tiene 21 episodios.

Resumen: House empieza un tratamiento de desintoxicación en el hospital psiquiátrico de Mayfield para desintoxicarse de la vicodina en su cuerpo y con el fin de controlar sus alucinaciones. Planea dejar el hospital pronto, pero su médico, el doctor Darryl Nolan, insiste en que finalice correctamente su tratamiento.² También en su terapia de rehabilitación, tras probar con varios hobbies para distraer su atención del dolor de su pierna, descubre que su trabajo como médico es lo único que funciona, por lo cual vuelve también al equipo pero esta vez como subordinado de Foreman, aumentando cada vez más el temor de este de no ser tan buen médico como su antiguo jefe..

Capítulo 1: Quebrado
House comienza un programa de desintoxicación en el Hospital Psiquiátrico de Mayfield para eliminar la vicodina de su sistema en un intento por controlar sus alucinaciones. House piensa dejar la instalación una vez que está limpio, pero es obligado a quedarse por el médico a cargo Dr. Darryl Nolan. El Dr. Nolan acuerda escribir una recomendación para restablecer la licencia médica de House sólo si House acepta seguir su tratamiento para recuperarse totalmente. Cuando House es movido a un nuevo sector en el hospital, él desarrolla una relación cercana con su nuevo compañero de cuarto Alvie, y Lydia, una visitante regular que ayuda a House a quebrar las reglas.

Capítulo 2: Fracaso rotundo
House presenta su renuncia al Hospital, ya que no quiere arriesgar su recuperación. Siguiendo las recomendaciones del Dr. Nolan, se dedica a desarrollar un hobbie, la cocina, en su búsqueda por despejar su mente. Mientras Foreman se ofrece a tomar el puesto de House, Cuddy le da una sola oportunidad para demostrar su capacidad. El nuevo paciente será todo un desafío para el equipo, ya que confían más en la ayuda que puedan darles consejeros online que las que puedan deducir. La relación entre Trece y Foreman se tensa mucho debido a la nueva situación Jefe-subalterno. Wilson teme que House reincida en la vicodina, ya que el dolor en la pierna ha regresado.

Capítulo 3: El tirano
Cuando un polémico político africano cae enfermo, es traído al Princeton Plainsboro por tratamiento. El equipo tiene dificultades con la posibilidad ayudar a un despiadado dictador citado por crímenes contra la humanidad en su país. Entretanto, Wilson intenta hacer las paces un enemistado vecino, pero el fisgoneo de House agrava el problema.

Capítulo 4: Karma instantáneo
Un adinerado hombre de negocios trae a su hijo adolescente, quien está aquejado por un inexplicable dolor abdominal, al Princeton Plainsboro e insiste en que el Dr. House maneje el caso. El padre del paciente cree que el castigo kármico de su éxito financiero es que sea víctima de una tragedia personal, y que la respuesta para el misterio médico de su hijo recae sobre un revés del destino en vez del tratamiento médico. Entretanto, Foreman y Chase se disponen a presentar información en el caso Dibala.

Capítulo 5: Corazón valiente
El equipo se encarga del caso de un detective de la policía temerario que tiene una historia familiar de insuficiencia cardíaca repentina que mató a su padre, abuelo y bisabuelo, todos a 40 años de edad. Aunque House no tiene interés en el diagnóstico del paciente sin síntomas detectables, el equipo, a instancias de Cameron, hace los intentos de identificar su condición, por lo que el detective puede vivir sin miedo de morir joven. Mientras tanto, Chase es perseguido por sus acciones en el caso Dibala, y House se enfrenta a sus propios fantasmas.

Capítulo 6: Sorpresas esperadas
Después de una noche loca a cabo, una adolescente es llevada al Princeton Plainsboro con apéndices excesivamente hinchados. El equipo debe trabajar para el diagnóstico de la joven, que es menos que honesta sobre lo que pasó la noche en que cayó enferma. A medida que su condición empeora, se vuelve incapaz de distinguir la realidad de la ficción. Mientras tanto, Cuddy, Wilson y House van a pasar un fin de semana fuera del hospital para asistir a una conferencia médica, pero las cosas no salen según lo planeado, cuando el investigador privado de House, Lucas, regresa.

Capítulo 7: Trabajo en equipo
Después de que la licencia médica de House se restablece, él recupera su papel como jefe de Diagnóstico justo a tiempo para tratar a Hank Hardwick, una estrella del cine adulto ingresado en el hospital por un pulsante dolor de ojos. Mientras tanto, Cuddy recuerda que Princeton Plainsboro no es un lugar propicio para lograr relaciones personales sanas. Cameron rompe con Chase luego de que éste prefiriera trabajar con House en lugar de irse con ella a "un lugar lejano", también le confiesa a House que lo amaba.

Capítulo 8: Bendita ignorancia
En la víspera de Acción de Gracias, House y el equipo toman el caso de James Sidas, un físico excepcionalmente brillante y autor que cambió su carrera de éxito por un trabajo como mensajero. Para el paciente enfermo, la inteligencia es una carga miserable que ha llevado a ladepresión y la adicción, y esto, junto con una miríada de síntomas extraños, aprobleman al equipo. Mientras tanto, los médicos del Princeton Plainsboro luchan con la tensión en sus relaciones personales.

Capítulo 9: Wilson
Wilson debe tratar a un antiguo paciente y amigo, a quien salvó de leucemia, éste ingresa con extraños síntomas y Wilson deberá enfrentar el hecho que tal vez su amigo pudo tener una recaída. House por su parte, le hará pensar que su incondicionalidad puede jugarle en contra.

Capítulo 10: Oculto
Un hombre, asociado con traficantes de drogas, pierde el conocimiento durante una venta, negándose a brindar la información necesaria al equipo de House. Paralelamente, Wilson y House tratan con su vecina Nora, la cual cree que son homosexuales.

Capítulo 11: Remordimientos
El equipo toma el caso de Valeria, una atractiva ejecutiva la cual tuvo un episodio de dolor de cabeza y dolor de oídos. House se percata de cómo Valeria tiene una psicosis capaz de manipular y no ser capaz de sentir las emociones. Mientras tanto, House intenta aliviar su conciencia al tratar con un antiguo compañero de carrera al cual cree haber perjudicado durante un examen.

Capítulo 12: Escalada
House y su equipo tratan a un chico que, luego de un entrenamiento de fútbol americano, comienza a golpearse a sí mismo con su casco causándose una contusión. Mientras, House contrata al hermano de Foreman como asistente personal, lo que molesta a éste último. House y Wilson reciben una serie de bromas pesadas y House intenta descubrir quien es el bromista.

Capítulo 13: De 5 a 9
El episodio esta en la perspectiva de un día cualquiera en la vida de Cuddy, donde enfrenta diversos problemas como el cuidado de su hijo, su relación con Lucas, conseguir un incremento en el reembolso para el hospital, enfrentar un problema de fármacos, una demanda y lidiar con House mientras todo ocurre. Los médicos le dicen que cumple todos los caprichos de House, House desde luego le causa todo tipo de problemas, la encargada de farmacia roba efedrina para surtir a los traficantes, al final Cuddy resuelve las cosas de forma perfecta.

Capítulo 14: Vidas y preivadas
House y su equipo tratan a una blogger obsesionada con publicar su vida en internet, a pesar de los problemas que le ocasiona esto con su esposo. Chase lídia con el hecho de que las mujeres no lo valoren por ser atractivo físicamente. House se entera del oscuro pasado de Wilson en la universidad gracias a una vieja pelicula, al mismo tiempo House busca algo en su propio pasado.

Capítulo 15: Agujero negro
House y su equipo tratan a una estudiante modelo que durante una clase sufre un ataque. Taub está peleando con su esposa y House sospecha que ella está enojada porque Taub la engaña aunque no lo admita. Mientras tanto, la paciente empeora y House no sabe que pasa al no encontrar resultados en ninguna prueba, por lo que deciden "ver" sus alucinaciones. Finalmente House se da cuenta de que la paciente tiene una enfermedad de transmisión sexual (ETS) que adquirió al acostarse con el padre de su novio. House finalmente descubre que Taub sí engaña a su esposa.

Capítulo 16: Clausura
El hospital es cerrado debido a la desaparición de un bebe. En este capitulo no hay paciente para el equipo de House, pero este encierro nos devela cosas interesantes acerca de los personajes. Cuddy busca el bebé por todo el hospital y trata de consolar a la madre, House se encuentra con un paciente con cáncer a punto de morir y platica con el sobre la vida, Wilson y Trece juegan a "verdad o reto" donde ambos terminan confesando su vida sexual, Foreman y Taub están avergonzados por sus registros como médicos y quieren cambiarlos, tratan de ver el de House aunque está lleno de malos procedimientos médicos, la mayoría ridículos (como una amputación de Pene sin razón alguna) todos practicados a "Lisa Cuddy", Chase y Cameron se vuelven a encontrar y aclaran algunas cosas de su ruptura.

Capítulo 17: El caballero y la muerte
House y su equipo toman el caso de un caballero en una Feria Medieval, cuyos ojos se volvieron rojos. House y su equipo descubren que la vida del muchacho gira en torno a la Feria Medieval, además descubren algo acerca del muchacho; practica brujería. Mientras tanto, House descubre que Wilson está saliendo con su primera ex-esposa y hará todo lo posible para que ésta se aleje de su mejor amigo con tal de que no le vuelva a hacer daño.

Capítulo 18: Abierto y cerrado
House y su equipo toman el caso de una mujer que sufrió un fuerte dolor de estomago mientras mantenía relaciones sexuales. House descubre que la paciente y su esposo practican un matrimonio abierto, pero al parecer la única que mantenía relaciones con otras personas era la paciente mas no su esposo. Por otra parte, Taub trata de volver su matrimonio un matrimonio abierto para poder mantener relaciones sexuales con la chica con quien engañaba a su esposa sin perder a ésta última.

Capítulo 19: La elección
En el momento en que una pareja estaba por casarse, el novio pierde la capacidad de hablar y se desmaya. House cree que el novio está fingiendo, pero éste sufre otro ataque. Más tarde descubren que el novio había asistido a un programa para evitar la homosexualidad, en donde se le inyectaron vomitivos. Luego aparece un síntoma más: el joven empieza a expulsar leche. Entre tanto, House es invitado constantemente a salir por sus empleados debido a que Wilson les pago a éstos.

Capítulo 20: Bagaje
House se encuentra en una cita con el doctor Nolan, donde empiezan a hablar de su último caso: una chica que mientras corría, pierde la memoria. El doctor Nolan analiza los acontecimientos en la vida de House: el pedido de mudanza por parte de Wilson, la futura convivencia de Cuddy y Lucas, el retorno de House a su antigua casa y su reencuentro con Alvie. House al no encontrar solución a su infelicidad, decide abandonar el tratamiento del doctor Nolan alegando que "cualquiera que sea la respuesta, usted no la tiene".

Capítulo 21: Ayúdema
El capítulo comienza con pequeñas escenas de House, un espejo roto y vendas. Ocho horas antes, House y Cuddy se tienen que encargar de los heridos de un derrumbe causado por una grúa. House descubre que el conductor de la grúa se había quedado dormido a pesar de haber consumido grandes cantidades de cafeína. Al mismo tiempo, House encuentra a una chica que sobrevive al derrumbe pero tiene una pierna atascada. Entonces House debe decidir entre amputar la pierna o extraerla con el riesgo de que la chica sufra Síndrome de Aplastamiento. House se niega a la amputación de la pierna, pero debe decidir si la chica vive una vida con una prótesis o sufre una vida similar a la de House. Paralelamente, algo le pasa a Trece, llegando a presentar su renuncia. Por último, la chica muere; causando una crisis existencial en House, llegando al borde de comsumir Vicodine, pero es detenido por Cuddy; quien le dice de que lo ama. La temporada termina con Cuddy y House besandose, preguntando este si es una alucinacion por la Vicodina, a lo que él revisa su mano encontrando aun las pastillas ahi y Cuddy le dice"Entonces estamos bien".

Quinta Temporada
Cuarta Temporada
Tercera Temporada
Segunda Temporada
Primera Temporada
Sintonía
House