La Cuarta Temporada de Bones se estrenó el 3 de septiembre de 2008 y tiene 25 episodios.

Capítulo 1: Yankis en Inglaterra

Brennan y Booth viajan a Londres debido a unas charlas que Brennan tenía programadas en la Universidad. Allí coinciden con sus homólogos ingleses, el experto en huesos Ian Wrexler, y la inspectora Cate Pritchard, que les invitarán a trabajar mano a mano en la resolución de un crimen vinculado con la nobleza inglesa. El agente Booth sufrirá algunos contratiempos derivados de las diferentes costumbres del país, mientras la doctora se planteará tener una cita con el profesor Palmer. Cuando el doctor Ian Wrexler aparece muerto en su apartamento después de un incendio, la inspectora Pritchard le pide a Booth y a Brennan que se queden en Londres para colaborar en la investigación.

Capítulo 2: El hombre del escusado
Cuando aparece el cuerpo sin vida de un conocido presentador de un reality show, en el que se descubría públicamente a esposas infieles, Booth y Brennan deben identificar al culpable de su muerte entre numerosos sospechosos, algunos humillados durante dicho programa de televisión.En el terreno personal, Booth no aprueba la relación que la doctora está manteniendo con dos hombres al mismo tiempo.

Capítulo 3: El dedo en el nido
El hijo de Booth encuentra un dedo en un nido durante un día en el parque con su padre. Cuando se hallan el resto de partes del cadáver, el equipo de Brennan descubre que pertenecen a un veterinario. Con todas las pruebas ya analizadas, la causa de la muerte es el feroz ataque de un perro. Booth acudirá a César Millán (El encantador de perros), adiestrador profesional de perros, para que aporte su experiencia y les ayude a encontrar al perro culpable.

Capítulo 4: Miembros perfectos en el depósito
Las diferentes partes de un cadáver desmembrado aparecen en una piscina industrial excepto la cabeza, que no estaba entre los restos.El equipo descubre que la víctima es Jared Addison, un joven escritor de ciencia ficción que padece diversos trastornos mentales. Con la ayuda de Sweets, el experto en psicología, Booth y Brennan interrogan a diversos sospechosos. Sin embargo, Hodgins confía en la capacidad de Zack para resolver el caso y acude a visitar a Zack en busca de respuestas.

Capítulo 5: La jefa en el hueco del ascensor
El equipo del Jeffersonian acude a unas oficinas donde se ha encontrado a una mujer llamada Patty Hoyle despedazada en el hueco del ascensor.Después de hablar con los empleados de la oficina y descubrir que era una de las jefas de la planta, donde al parecer tenía algunos enemigos, Booth y Brennan comienzan a interrogar a los posibles sospechosos. Mientras, en el Instituto, Hodgins y Angela tratan de llevar lo mejor posible su ruptura.

Capítulo 6: El hombre que era mujer
Cuando los restos del cuerpo de Patricia Ludmuller aparecen en una playa, Brennan ordena que los trasladen al laboratorio para estudiarlos.Tras la investigación, descubren que Patricia había sido antes un hombre, y una reconstrucción de la antigua apariencia les lleva hasta Patrick, un pastor eclesiástico que desapareció hace 6 años y al que se dio por muerto en Tailandia, país donde se operó para cambiarse de sexo. Booth y Brennan acuden a su ex mujer y a su hijo en busca de respuestas.

Capítulo 7: El cráneo de la escultura
El cadáver del escultor Geoffrey Thorne es hallado en el interior de un coche aplastado y convertido en una obra de arte. La víctima, que padecía depresión, había tomado una gran cantidad de pastillas antes de su muerte, lo que lleva al equipo de Brennan a sospechar que se trata de un suicidio. Sin embargo, una última pista les lleva a sospechar de Roxie, la ayudante del escultor y ex novia de Angela en la universidad.

Capítulo 8: El timador en el laboratorio de coca
El cadáver de un hombre es hallado en un laboratorio de droga durante unas prácticas de la Policía. La víctima es Stegman, el padre de un inventor sin mucho éxito al que había ido a visitar después de años sin contacto. Cuando Brennan descubre que ha habido un error al identificar a la víctima y que en realidad se trata de un estafador, Pongetti, Angela descubre que el verdadero padre del inventor es una de las víctimas sin identificar del Jeffersonian.

Capítulo 9: La pasajera en el horno
Booth y Bones se dirigen en un avión a China para estudiar unos restos hallados en Shangai. Sin embargo, el descubrimiento del cadáver de una pasajera dentro del horno de la nave obliga a la doctora y al agente a improvisar una investigación y una autopsia en el aire. La víctima, una periodista que había publicado recientemente un artículo de denuncia sobre pilotos bajo los efectos del alcohol, tenía un affaire con uno de los pasajeros.

Capítulo 10: El hueso que explotó
Max, el padre de Brennan, comienza a trabajar como profesor de niños en el Jeffersonian. Cuando éste termina ayudando al equipo en el caso que les ocupa, Brennan se siente molesta por la repentina invasión de su padre en su vida profesional. Mientras, Booth investiga el asesinato con gas de aviación de un hombre que trabajaba como guardaespaldas de una familia adinerada.

Capítulo 11: Doble salto mortal
Julie y Jane Van Owen, dos siamesas que trabajaban en un circo, aparecen muertas en la frontera de Texas con Oklahoma. Tras las advertencias de Sweets, que desvela que fue dado en adopción por su verdadera madre, una mujer que trabajaba como vidente en una de estas carpas, Booth y Brennan deciden infiltrarse en un circo y hacerse pasar por lanzadores de cuchillos. De esta manera, podrán integrarse y averiguar lo que les sucedió a las hermanas Van Owen.

Capítulo 12: Fuego en el hielo
Booth se convierte en el principal sospechoso del asesinato de un jugador de hockey después de que su cuerpo fuera hallado en un lago congelado. El agente había disputado un partido contra el equipo de la víctima y se había fracturado una mano golpeándole repetidas veces en la cara. La doctora Brennan y la agente designada a sustituir a Booth tratarán de encontrar pruebas para eximir a su compañero de toda sospecha.

Capítulo 13: Un héroe en la bodega
El sepulturero regresa a las vidas de Bones y Hodgins cuando el juez que lleva el caso advierte que una de las pruebas ha desaparecido y debe ser inmediatamente devuelta. Para recuperarla, el criminal secuestra a Booth y le encierra en un buque bajo la amenaza de una bomba. El equipo deberá trabajar rápido para hallar el paradero del agente antes de que el artefacto explote. Esta situación propiciará que ambos compañeros se den cuenta del cariño que se tienen..

Capítulo 14: La princesa y la pera
Una mujer disfrazada con un atuendo histórico aparece muerta y con síntomas de haber sufrido torturas propias del Medievo. Un sello en su mano lleva a Brennan y a la agente Perotta a una feria audiovisual relacionada con producciones medievales. Allí descubren que una preciada espada que se hallaba en posesión de la víctima iba a ser subastada a un alto precio. El equipo deberá descubrir quién es el responsable de tan brutal crimen. Mientras, Booth guarda reposo en casa debido a una hernia discal.

Capítulo 15: Huesos que sueltan espuma
El cuerpo de un excelente vendedor de coches aparece en un acantilado. Sus huesos, que sueltan espuma, hacen complicado su análisis ya que se derriten por la acción de un componente desconocido. El equipo de Brennan trabaja deprisa antes de que el cuerpo desaparezca por completo. Mientras, Booth interroga a sus compañeros de trabajo para averiguar si alguien estaba especialmente celoso por su éxito con las ventas.

Capítulo 16: Sal en las heridas
Una chica de 16 años aparece muerta en un camión de sal. Booth y Brennan descubren que la joven estaba embarazada, al igual que la gran mayoría de sus compañeras del equipo de voleibol. Muchas de ellas habían recurrido al mismo chico para poder convertirse en madres adolescentes, por lo que el joven se convierte en uno de los principales sospechosos. En el terreno personal, Roxie rompe con Angela y ésta recurre a Hodgins para consolarse.

Capítulo 17: El doctor en la guarida del tigre
El cadáver de un hombre aparece descuartizado en un zoo después de haber sido devorado por un tigre. Cuando identifican a la víctima en el laboratorio, Cam no puede creer que se trate de su ex prometido, el doctor Welton, con el que vivió dos años y crió a su hija. Ahora deberá poner a trabajar al equipo para averiguar quién le mató y cerrar una etapa muy dolorosa en su vida.

Capítulo 18: Ciencia y física
El equipo interroga a los miembros de un centro de investigación científica cuando la futura esposa del director de la organización, un hombre invidente, aparece muerta y descuartizada, lo que hace muy difícil su autopsia. Todos son sospechosos, ya que los integrantes del centro solían mantener relaciones sexuales abiertas entre ellos al tiempo que sostenían opiniones científicas contrapuestas. Booth y Brennan deberán descubrir quién miente, aunque no les será fácil ya que el coeficiente intelectual de sus sospechosos supera con creces la media.

Capítulo 19: La cenicienta en el cartón
Una mujer que preparaba su boda aparece muerta entre unos cartones. Las primeras investigaciones llevan a Booth y Brennan a una empresa de organización de bodas donde la víctima había tenido una pelea con una de las empleadas. Allí, la pareja descubre a la novia de Sweets probándose un vestido de novia con otro hombre.

Capítulo 20: Caos en la cruz
Un equipo de antropólogos noruegos encuentra el esqueleto crucificado de un hombre americano durante un concierto de black metal. El equipo de Brennan recibe los restos en su laboratorio y descubren que se trata del bajo de un grupo de death metal que había desaparecido hace meses. Este caso permite a la doctora conocer más acerca del pasado de Sweets y su conflictiva niñez.

Capítulo 21: Hay muertos que mueren dos veces
El equipo acude al velatorio del Dr. Hank Reilly, un compañero del Smithsonian que según la autopsia ha fallecido por un infarto. Cuando Brennan ve al difunto descubre lesiones que no aparecen en el informe del forense y pondrá a todo el equipo a trabajar para descubrir cómo murió realmente Reilly y quién fue el causante.

Capítulo 22: La chica de la máscara
Mientras Temperance intenta encontrar al candidato ideal para cubrir el puesto de su ayudante personal, Booth recibe la llamada de un antiguo amigo desde Tokio, el sargento Ken Nakamura, que participó en un programa de intercambio policial junto a él. Al parecer su hermana Saki, una joven estudiante de 21 años, lleva unos días sin devolverle las llamadas. Booth recurre a sus contactos para averiguar el paradero de Saki, y pronto descubre que el coche de la joven ha aparecido junto a unas marismas.

Capítulo 23: El castor y la nutria
urante la celebración de una fiesta universitaria, los jóvenes de una conocida hermandad cuelgan el disfraz de mascota del equipo contrario en una grúa. Mientras le arrojan objetos y lo incineran, el disfraz desvela la presencia de un cuerpo humano en su interior y todos los presentes huyen atemorizados. El cadáver pertenece a un joven miembro de la hermandad Beta Delta Sigma, conocido en su círculo como Castor. Brennan y Booth tratarán de desvelar la causa real de su muerte, mientras se adentran en el desconcertante mundo del campus universitario.

Capítulo 24: El crítico en el Cabernet
La doctora Brennan está decida a tener un hijo por su cuenta y le pide a Booth que le done su esperma. El agente valora lo que ello podría significar, pero se decide a hacerlo. Sin embargo, Stewie, el bebé de Padre de familia, se cuela en la sala del banco de donación y hace que su decisión peligre. Mientras, el equipo investiga la aparición de un cadáver en una barrica de vino.

Capítulo 25: Principio y final
El agente Booth y la doctora Brennan se convierten en un feliz matrimonio propietario de un club nocturno. Por su puesto, todo el reparto les acompaña. El doctor Sweets, su novia Daisy, los ayudantes de Brennan, Vincent y Fisher, la perspicaz Angela y el mismísimo Zack son los empleados del bar. Clark es un agente musical relacionado con un hermano mafioso. El doctor Hodgins, por su parte, se convierte en un conocido escritor de novelas negras, mientras Jared, hermano de Booth, y la doctora Saroyan son una pareja de agentes del FBI que están a cargo de la investigación de un crimen cometido en el club de Brennan. Caroline, la fiscal, cambia de bando y cumple la función de abogada defensora del matrimonio Booth. Max, el padre de Brennan, interpreta a un concejal corrupto que querrá ayudar a la pareja para que puedan reabrir su bar. 

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