La Tercera Temporada de Dexter se estrenó el 28 de septiembre de 2008 y tiene 12 episodios.

Resumen: En esta temporada, Dexter mata a Óscar Prado en  defensa propia cuando ambos iban a matar a la misma persona: un traficante de drogas conocido cómo Freebo. A la mañana siguiente, en su papel de forense, es Deb quién le informa que Óscar era el hermano pequeño del Fiscal del Distrito Miguel Prado -ex novio de LaGuerta- y un policía con malas pulgas llamado Ramon. Cuando Dex mata a Freebo, que era el principal sospechoso, Miguel lo descubre y Dex alega haberlo matado en defensa propia. Guardando el secreto, entre Miguel y Dex nace algo parecido a la amistad y juntos empiezan a elegir a las víctimas. A su vez, la mujer de Miguel, Sylvia se convertirá en la mejor amiga de Rita, la cual está embarazada. Por otro lado, el caso de la temporada es el del Despellejador, un asesino en serie que arranca un trozo de piel a sus víctimas. Deb, acompañada por Joey Quinn y el confidente de éste Anton Briggs irán en su búsqueda. Pero, ¿por qué Asuntos Internos pregunta por Quinn? ¿Es del todo legal el nuevo compañero de Deb? Finalmente, mientras Deb inicia una relación con Anton, dan caza al asesino: Washington King. Paralelamente, entre Dex y Miguel nace una rivalidad: Miguel ahora también quiere matar y a Dex no le gusta esa idea, puesto que Prado asesina a cualquiera. Así pues, el forense y el Fiscal inician una guerra de poder que acabará con la muerte de Miguel Prado en manos de Dexter. Pero si el futuro padre creía que todo había acabado se equivocaba: Miguel había contratado al Despellejador para que acabara con Dex. Así, minutos antes de su boda con Rita, Dexter acaba con el Despellejador. La temporada concluye en la boda de Dexter y Rita, la relación de Deb y Anton, el ascenso de Batista a sargento y con el conocimiento de que Miami está tranquila...por poco tiempo.

Capítulo 1: Nuestro padre
Mientras Dexter busca a Freebo, accidentalmente mata al hermano menor del fiscal de MIAMI, lo que puede conducirlo a caminos insospechados. Rita tiene una noticia que darle a Dexter.

Capítulo 2: Encontrando a Freebo
Dexter continúa buscando a Freebo después de que aparezca el cuerpo de Teegan. Mientras, él y Rita deben tomar una decisión sobre el bebé, algo que no será fácil para Dexter ya que no está seguro de sus cualidades como padre.

Capítulo 3: El león duerme esta noche
Ha aparecido un cuerpo y el departamente lo conecta con el caso de Freebo, pero Miguel y Dexter saben que no ha podido ser él, así que ambos tratan de desviar la atención sobre Freebo. Mientras tanto, Dexter se encuentra con un pedófilo que parece mostrar un interés por Astor y ahora debe decidir si saltarse el código. Además, Dexter sigue dudando sobre lo que puede hacer por el bebé que va a tener con Rita.