La primera Temporada de Sanctuary se estrenó el 13 de octubre de 2008, y tiene 13 episodios:

Episodio 1: Santuario para todos (I)
Will Zimmerman, un joven y brillante psiquiatra forense, investiga la muerte de dos agentes de policía. Aunque todo parece indicar que ambos recibieron un disparo en la cabeza, cuando Zimmerman realiza la autopsia no encuentra rastro alguno de arma de fuego.

Episodio 2: Santuario para todos (II)
El forense Will Wimmerman continúa investigando la muerte de dos agentes asesinados en extrañas circunstancias. Tras apresar al principal sospechoso, decide interrogarlo aún sin contar con el permiso de sus superiores. A su vez, sopesa la oferta laboral de Helen Magnus.

Episodio 3: Fata Morgana
Helen Magnus, su hija Ashley y Will Wimmerman viajan hasta Escocia para buscar un supuesto elixir de la vida escondido en unas rocas. Al llegar, se encuentran con tres mujeres en aparente estado de coma que fueron creadas hace años con el objetivo de destruir al hombre.

Episodio 4: Hombre plegable
Magnus y su equipo investigan los extraños robos cometidos por una banda de ladrones con poderes sobrenaturales. Los hombres, que parecen estar hechos de un material similar a la plastilina, se cuelan por toda clase de rendijas y burlan cualquier tipo de seguridad.

Episodio 5: Kush
Magnus y Will regresan del Himalaya con un peligroso Anormal capturado cuando, por culpa de las nulas condiciones meteorológicas, el avión se estrella. Mientras esperan al equipo de rescate, deberán lidiar con la criatura, capaz de colarse en los sueños de las personas.

Episodio 6: Nubinos
Dos anómalos inofensivos llegan al santuario y el equipo comienza a sentirse atraidos unos a otros por una fuerza animal.

Episodio 7: Los cinco
Cuando Magnus se encuentra con un antiguo conocido en Roma, ésta le dice que Cabal planea vengarse de ella por el caso Fata Morgana.

Episodio 8: Edward
El detective Kavanagh pide ayuda a Will para investigar un caso de suicidio que le parece sospechoso. Un niño autista parece estar involucrado.

Episodio 9: Réquiem
Magnus y Will se dirigen al triángulo de las Bermudas como respuesta a una llamada de ayuda de una de las especies de anómalos que viven allí.

Episodio 10: Guerreros
Cuando Danny, un viejo amigo de Will, desaparece, su mujer contacta con él para pedirle ayuda.

Episodio 11: Instinto
Desesperado por conseguir una historia en exclusiva, un periodista y su cámara están  escondidos dentro de un edificio vacío. En el interior se encuentran la Dra. Magnus y su equipo, y una criatura más grande que cualquiera de ellos no espera.

Episodio 12: Revelaciones (I)
La Cábala lanza Lázaro, un arma biológica diseñada para atacar a los anómalos en el Yukon(Alaska). John Druitt hace una declaración inoportuna del Santuario que como él, también ve la importancia de la situación. Los Cinco se tendrán que reunir.

Episodio 13: Revelaciones (II)
Usando el intelecto de Watson, los cuatro miembros de Los Cinco" son capaces de encontrar una entrada a un complejo subterráneo. Allí, se encuentran con Nikola Tesla, que se ha regenerado desde último encuentro, y todos deben trabajar juntos para recuperar el vial, ya que el complejo alberga una serie de retos diseñados para probar los poderes de cada miembro de Los Cinco.

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