La Quinta Temporada de Bones se estrenó el 17 de septiembre de 2009 y tiene 24 episodios.

Capítulo 1: Precursores en la fuente
Brennan y Booth viajan a Londres debido a unas charlas que Brennan tenía programadas en la Universidad. Allí coinciden con sus homólogos ingleses, el experto en huesos Ian Wrexler, y la inspectora Cate Pritchard, que les invitarán a trabajar mano a mano en la resolución de un crimen vinculado con la nobleza inglesa. El agente Booth sufrirá algunos contratiempos derivados de las diferentes costumbres del país, mientras la doctora se planteará tener una cita con el profesor Palmer. Cuando el doctor Ian Wrexler aparece muerto en su apartamento después de un incendio, la inspectora Pritchard le pide a Booth y a Brennan que se queden en Londres para colaborar en la investigación.

Capítulo 2: Buscando a James Bond
Brennan y Booth investigan la muerte de un hombre de nacionalidad rusa que portaba un maletín, ahora desaparecido. El hallazgo posterior de otro cadáver, esta vez de un agente de la CIA que conducía el coche de James Bond, hace sospechar al equipo que se trata de un asunto turbio, que bien podría tratarse del argumento de una de las películas del famoso espía. La implicación de uno de los responsables de la Agencia Central de Inteligencia complica el trabajo de Booth, que tendrá que demostrar su autoridad como agente especial del FBI. Mientras, el cheque millonario que acaba de recibir Brennan por su libro podría servir de mucha ayuda a alguien que lo necesita.

Capítulo 3: El niño prodigio
Los restos de Levi Yoder, un chico perteneciente a la comunidad Amish, aparecen esparcidos por las vías del tren. Booth y Brennan acuden a su casa para investigar lo sucedido, pero descubren que el joven se había marchado a la ciudad para probar suerte como pianista. Con una intensa vida dentro y fuera de la comunidad, Levi tenía algún enemigo que podría convertirse en sospechoso de haber cometido el horrible crimen. En el Jeffersonian, Cam está pasando por una época difícil debido a su nueva faceta de madre adoptiva.

Capítulo 4: Un hermoso día en la urbanización
Los restos de Kurt, un vecino de un barrio residencial, aparecen en una barbacoa durante una fiesta. El espeluznante hallazgo conmueve a los vecinos, que deben prestar declaración sobre su relación con la víctima. Varios amantes secretos y una empresa encubierta son los primeros descubrimientos de Brennan y Booth, que no descansarán hasta descubrir qué pudo llevar a alguien a matar a su vecino en una tranquila urbanización de las afueras.

Capítulo 5: Un anochecer en el museo de huesos
Los restos de una momia que el Gobierno de Egipto había prestado al Jeffersonian para una exposición aparecen en las afueras de un edificio, con restos de sangre reciente. Brennan está entusiasmada con el caso, ya que podría tratarse de un gran descubrimiento histórico. Esta felicidad es compartida con Daisy, que recibe otra oportunidad para trabajar como ayudante. En el terreno personal, la doctora tiene una cita con el jefe de Booth, algo que incomoda a su compañero.

Capítulo 6: Un tipo duro entre gallinas
Los restos de un hombre cuyo rostro guardaba gran parecido con una gallina son encontrados en un río. El retrato que realiza Angela de la víctima coincide con el de un hombre que regentaba una granja de pollos. Brennan y Booth se acercan al lugar para investigar y coinciden en la entrada con un grupo de activistas y defensores de animales que protestan por el trato que se les da a las aves en la fábrica. Los investigadores tendrán motivos suficientes para sospechar de alguno de ellos. Mientras, el departamento es testigo de un nuevo romance en el Jeffersonian.

Capítulo 7: El enano bajo tierra
Brennan y Booth investigan la muerte de un enano que se dedicaba a la lucha y cuyo cadáver ha aparecido en una zanja de la carretera. El equipo analiza los objetos encontrados en el mismo lugar, pero serán las relaciones amorosas de la víctima las que les conduzcan hasta el culpable. En el terreno personal, Booth se muestra preocupado por los cambios que ha sufrido tanto en su personalidad como en sus aptitudes desde la operación. El agente acudirá en busca de la ayuda del doctor Gordon Wyatt.

Capítulo 8: El pie en la casa embargada
Hank, el abuelo de Booth, se muda a casa de su nieto una temporada. El hombre entabla muy buena relación con Brennan, a la que decide desvelar un secreto familiar muy importante para él. En el laboratorio, todo el equipo investiga la misteriosa muerte de dos personas halladas incineradas en la cama principal de una casa embargada.

Capítulo 9: El campeón en el aceite
El campeón mundial de Punky Pong, un clásico videojuego, es hallado muerto en un bidón lleno de aceite. Booth y Brennan interrogan a sus fans y detractores en busca de alguien que tuviera motivos para matarle. Mientras, Hodgins, Fisher y Sweets se turnan para hacer cola en la sala donde se proyectará la película Avatar. Durante la larga espera, Sweets se ve tentado por una joven aficionada a los efectos especiales.

Capítulo 10: Un Papá Noel muy explosivo
Un hombre disfrazado de Papá Noel que portaba un artefacto explosivo atado a su cuerpo atraca un banco. Cuando va a escapar con el botín, Booth le da el alto pero el dispositivo se activa y el atracador muere en el acto. El agente trabajará con el equipo de Brennan para descubrir quién hizo explotar la bomba. Entretanto, Margaret (Zooey Deschanel), la prima segunda de Temperance, aparecerá en la ciudad para pasar las vacaciones en familia. La relación entre ellas será algo tirante.

Capítulo 11: El extraterrestre en el desierto
Booth y Brennan viajan a Nuevo México para investigar la aparición de un cadáver en el desierto. El cuerpo presenta diversos aspectos propios de un ser extraterrestre y los investigadores descubren que hay muchos aficionados a los ovnis en la zona. El asunto no puede trascender a los medios hasta que no se aclare la procedencia del cadáver y las causas de su muerte. Mientras, en el laboratorio, el equipo descubre la relación entre Wendell y Angela.

Capítulo 12: La prueba del pudding
El equipo de la doctora Brennan es retenido en el Jeffersonian por un grupo de agentes del Gobierno que tiene una misión para ellos. El trabajo consiste en analizar unos restos óseos y determinar la causa de la muerte de una víctima a la que en ningún caso podrán identificar. Los conocimientos de todos los integrantes del equipo llevarán a sospechar que pude tratarse de un importante político estadounidense. Booth, ajeno a lo que ocurre dentro, tratará de irrumpir en el Jeffersonian para descubrir qué es lo que está pasando verdaderamente. Durante la reclusión, el descubrimiento de un sorprendente embarazo desconcentrará a los compañeros de su objetivo.

Capítulo 13: El dentista en la zanja
Brennan investiga el hallazgo de un esqueleto en una zona cercana a un río. El proceso de limpieza de los huesos es muy complicado ya que tiene mucho barro adherido, y la doctora pone mucho empeño en que el trabajo se haga bien, lo que provoca un gran estrés en su ayudante. Booth identifica a la víctima, un jugador de fútbol americano gay que trabajaba como dentista. El equipo trabaja sin descanso para determinar las causas de la muerte. Mientras, Jared, el hermano de Booth, presenta a Padme (Dilshad Vadsaria), la chica que ha conocido en la India y con quien piensa casarse. El agente del FBI investiga el pasado de la novia de su hermano y descubre algo que puede hacer peligrar su relación.

Capítulo 14: El Diablo en el altar
Booth y Brennan acuden a una iglesia donde un cura contempla atónito el cuerpo quemado de lo que parece el Diablo. La víctima contaba con dos cuernos adheridos a las sienes y una pequeña cola en su coxis. Brennan, escéptica, investiga lo ocurrido hasta descubrir que se trataba de un joven obsesionado con el infierno y paciente de un centro psiquiátrico. Cuando se trasladan al lugar donde el chico permanecía internado, una larga lista de encubrimientos les dificulta enormemente su trabajo.

Capítulo 15: Los huesos en la línea azul
Un leve terremoto provoca la rotura de una tubería en una estación de metro de Washington. El accidente se cobra la vida de un joven pasajero y saca a la superficie un cadáver que había permanecido oculto en el túnel. Mientras el doctor Sweets, que viajaba en el vagón, trata de recuperarse del estrés postraumático que sufre, el equipo identifica a la víctima. Se trata de un escriba ciego que se había visto atrapado en un triángulo amoroso. Entretanto, la doctora Brennan recibe a una periodista japonesa algo entrometida llamada Riku Iwanaga (Seiko Matsuda, cantante japonesa) que quiere entrevistarla.

Capítulo 16: Las partes en la suma del todo
Arranca con la esperada publicación del libro de Sweets sobre Brennan y Booth, que solo precisa de la aprobación de los protagonistas para llegar a las librerías. El texto concluye con una afirmación que el psicólogo tiene clara: están enamorados. Sin embargo, hay algo con lo que Sweets no cuenta, y es que sus conclusiones están formuladas en base al primer caso en el que Brennan y Booth trabajaron juntos. Cuando ambos aclaran que su primera toma de contacto fue otra muy distinta, el psicólogo les pide que se expliquen y le confiesen la verdad sobre su pasado, ya que se juega su prestigio como profesional con el libro. A lo largo de la entrega, Brennan y Booth recuerdan paso a paso cómo se conocieron y cómo se desarrolló el primer caso al que se enfrentaron como compañeros.

Capítulo 17: La muerte de la reina del instituto
Booth y Brennan se trasladan al antiguo instituto de la doctora para investigar el hallazgo de unos huesos humanos. Su visita coincide con la reunión de antiguos alumnos, a la que Brennan se niega a acudir porque guarda malos recuerdos de sus años allí, donde nadie quería acercarse a ella. Solo tiene buenas palabras para Ray Buxley (Robert Englund) el conserje del centro, un hombre algo siniestro. Tras algunas averiguaciones, Brennan descubre la identidad de la víctima, una antigua compañera. Solo la muerte de otra joven hace años les llevará hasta el culpable de ambos asesinatos.

Capítulo 18: El depredador del acuario
Catherine Bryan, bióloga del Oceanográfico, llama al FBI para informar de la aparición de huesos humanos en el tanque de los tiburones. Booth y Brennan se trasladan hasta el lugar, donde la doctora y Hodgins se sumergen en la inmensa piscina y descubren el resto del cadáver. La víctima es Jazz Gunn, un hombre que ofrecía seminarios sobre las propiedades curativas del océano. El equipo estudia todas las pruebas obtenidas de las especies que habitan el tanque para determinar quién fue el asesino. Mientras, Booth espera con impaciencia la resolución del caso para poder salir con Catherine, por la que siente una gran atracción desde que se conocieron. Entre tanto, Brennan tiene una cita con Hacker, el jefe de Booth

Capítulo 19: El rockero en el ciclo de lavado
El cadáver de un rockero es hallado en el interior de una lavadora en un hotel. Brennan y Booth descubren que la víctima era uno de los alumnos de un campamento para jóvenes promesas de este estilo musical, en el que el guitarrista Erik Dalton (Josh Todd, líder de la banda americana Buckcherry) era la estrella invitada. La pareja de expertos interrogará a los sospechosos y no dudará en participar también en el campamento interpretando juntos una canción si la investigación lo requiere.

Capítulo 20: La bruja en el armario
Los cadáveres de dos mujeres aparecen entre los restos de una cabaña incendiada en mitad de un bosque. Brennan y Booth se trasladan hasta allí con Angela y Hodgins para investigar en los alrededores, donde descubren que uno de los cadáveres pertenece a una joven muerta recientemente mientras el otro podría ser el de una de las brujas de Salem. Este caso entusiasma a Sweets, un experto en religión Wicca que ayudará a los investigadores a resolver los misterios que se esconden tras las pistas. Mientras, Hodgins y Angela terminarán arrestados por el sheriff Gus Abrams (Wade Williams) debido a las imprudencias del primero al volante. El tiempo que pasen juntos entre rejas les ayudará a darse cuenta de lo que sienten.

Capítulo 21: El niño con la respuesta
El juicio contra Heather Taffet (Deirdre Lovejoy), la mujer que enterró vivos a Brennan y Hodgins e intentó matar a Booth, se va a celebrar, y el equipo está dispuesto a trabajar sin descanso para reunir suficientes pruebas contra ella. En la primera vista, en la que la inteligente criminal confirma que se defenderá a ella misma en el juicio, Taffet da pistas a Brennan sobre el asesinato de un niño al que nunca se encontró. El repentino hallazgo del cadáver del pequeño pondrá al equipo entre la espada y la pared. Si quieren llevar este caso, deberán renunciar a sus acusaciones particulares contra ella. Esta difícil situación hará que la doctora Brennan se plantee su futuro profesional.

Capítulo 22: El principio en el final
Hodgins recibe la inesperada visita de su suegro (Billy Gibbons), que le pide ayuda con un asunto algo turbio. Todo se tratará de una prueba para comprobar si verdaderamente se merece a Angela como esposa. Mientras, Sweets se ve obligado a tomar una decisión sobre su relación con Daisy, ya que ésta también ha sido requerida en el proyecto de Maluku y tiene muy claro que no quiere perdérselo. Mientras tanto, el equipo investigará un cadáver aparecido al hundirse el techo de un apartamento y caer todo su contenido en el piso inferior.

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