La Primera Temporada de Eureka se estrenó el 18 de julio de 2006 y tiene 12 episodios.

Episodio 1: Piloto
Un accidente de coche lleva al teniente Jack Carter y a su hija Zoe al extraño pueblo de Eureka. Carter pronto descubrirá el secreto que oculta este peculiar lugar, por lo que se verá obligado a quedarse a vivir allí como nuevo sheriff. Mientras intenta recomponer la relación con su hija, poco a poco desarrolla una amistad con Allison Blake, una de las residentes más excéntricas de Eureka.

Episodio 2: Felices regresos
Tras su nombramiento como sheriff de la ciudad obligado por las circunstancias, Jack Carter empieza a tomar el pulso al extraño pueblo. Uno de los matrimonios que habitan Eureka y padres de un niño muere en extrañas circunstancias pero lo más extraño es que tras su entierro una mujer aparece diciendo que ella es la verdadera Susan Perkins y por lo que se aprecia a simple vista está muy viva para ser un cadáver.

Episodio 3: Antes de que lo olvide
Spencer, Taggart y unos cuantos chicos más se reúnen para ver una película de cine en la caravana pero los vecinos llaman al sheriff dado que tienen la música muy alta y cuando Jo llega para hacerles bajar el volumen se los encuentra alucinados frente a la pantalla viendo "Vinieron a conquistarnos", una película sobre alienígenas que se estrena una semana después y que ellos han conseguido pirateando la señal. Cuando todos se despiden y regresan a sus casas tras finalizar el film Spencer decide ver de nuevo la película, pero algo raro ocurre ya que el chico desaparece en la que supuestamente es una abducción alienígena.

Episodio 4: Invasión
Spencer, Taggart y unos cuantos chicos más se reúnen para ver una película de cine en la caravana pero los vecinos llaman al sheriff dado que tienen la música muy alta y cuando Jo llega para hacerles bajar el volumen se los encuentra alucinados frente a la pantalla viendo "Vinieron a conquistarnos", una película sobre alienígenas que se estrena una semana después y que ellos han conseguido pirateando la señal. Cuando todos se despiden y regresan a sus casas tras finalizar el film Spencer decide ver de nuevo la película, pero algo raro ocurre ya que el chico desaparece en la que supuestamente es una abducción alienígena. 

Episodio 5: Invulnerable
Allison acude a la oficina de Jack a buscarlo ya que no ha ido a pasar su reconocimiento médico y sin el Global no puede asegurarle. Es la tercera vez que lo pospone y Allison ya está mosqueada por lo que él le explica que no quiere tentar a la suerte por lo que ella quiere reconocerlo allí mismo. Pero la suerte se alía con el sheriff ya que en la oficina Jo recibe una llamada del doctor Carl Carlson y esta sirve de excusa a Jack para irse de allí.

Episodio 6: Dr. Nobel
Zoe está cansada de estar en un pueblito de mala muerte donde ha de hacer servicios comunitarios el sábado aunque su padre le regaña asegurándole que si no hubiera activado la alarma de incendios para zafarse del test de inteligencia no tendría ese castigo. Zoe ha de trabajar en un asilo de ancianos ayudando a personas mayores.

Episodio 7: Competencia
La "apacible" vida de Eureka se ve alterada por un accidente, en el que Jack vuelca todas sus energías para resolver los numerosos cabos sueltos. Jack recibe la llamada de Jo que le avisa de un accidente con fuga cuando acaba de dejar a su hija en el colegio, al llegar al lugar Jo le informa que la víctima asegura que algo invisible que iba a pie la ha golpeado: Lo cierto es que la mujer está sobria y el golpe en su coche ha sido tremendo.

Episodio 8: Inteligencia artificial
Un demoledor virus informático se adueñará de este misterioso municipio. Las consecuencias pronto saldrán a la luz y Eureka entera intentará encontrar una explicación, aunque todo apunta a la llegada inesperada de Callister Raynes, un experto en informática criado en la ciudad. Pero aquí no acaban los problemas: Carter tendrá que buscar a su hija Zoe que ha huido con el recién llegado.

Episodio 9: Primario
La tecnología cobrará protagonismo con los inventos de Fargo. En esta ocasión, el joven inventa un artefacto mental que reduce la diferencia entre los ordenadores y el cerebro humano. Por su parte, Allison intenta romper con su anterior vida y decide entregar a Stark los papeles del divorcio para que los firme.

Episodio 10: Neblina púrpura
Los habitantes de la población empiezan a comportarse de manera extraña, excepto el sheriff y su hija. Ambos deberán averiguar las razones. Mientras, Stark toma una decisión crucial para el futuro del mundo.

Episodio 11: La casa de las normas
El programa informático que regula la casa de Jack Carter, S.A.R.A.H, le toma a él y a otros habitantes del pueblo como rehenes para impedir que el sheriff abandone el pueblo. Mientras, el programa B.R.A.D se activa y pone a todos en peligro.

Episodio 12: Una vez en la vida
El magnate local y responsable de la producción local de inventos, Stark, decide que es hora de probar un nuevo invento secreto, una máquina del tiempo. Esto hace que la tranquila población de Eureka viaje hasta el año 2010, y lo que se encuentran sus habitantes no parece excesivamente halagüeño, ya que el pueblo ha cambiado sustancialmente. 

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