La Segunda Temporada de Héroes se estrenó el 24 de septiembre de 2007 y tiene 11 episodios.

Episodio 1: Cuatro meses después
Empieza el segundo volumen de Héroes y con ello podremos descubrir cuál ha sido el destino de Nathan, Peter y Matt, tras la batalla final con Sylar y Peter con su incontrolada explosión nuclear en los cielos de Nueva York. Cuando todo el mundo intenta seguir hacia adelante, una nueva y siniestra fuerza hace acto de presencia y empieza a acosar y asesinar a héroes entre ellos el padre de Hiro y la madre de Nathan y Peter. Molly sufre pesadillas. Con toda la familia escondida en el Sur de California, HRG y Claire intentan no levantar sospechas en su nueva vida, algo que es más fácil decir que hacer. Mientras que en el Japón Feudal, Hiro conocerá a su héroe, Takezo Kensei. Los gemelos Maya y Alejandro Herrera intentan cruzar la frontera con la esperanza de encontrar a alguien que les ayude con sus mortales habilidades.

Episodio 2: Lagartos
En este episodio se empezará a esclarecer la situación de Peter Petrelli. Claire sufrirá un pequeño "percance" mientras que una clase en el insituto la ayudará a entender más su habilidad, al mismo tiempo, West empieza a atar algunos cabos. Hiro intentará convencer a Takezo Kensei para que realice la misión que había prometido y convertirse así en un héroe. Por fin descubrimos más sobre la "enfermedad" de Maya, que junto con Alejandro prosigue en su intento de cruzar la frontera. Matt Parkman se hará cargo de la investigación sobre el extraño asesinato del padre de Hiro, del cual los padres de Claire tenían conocimiento gracias a unos cuadros de Méndez. El Haitiano hace su reaparición en este episodio, llegando así a la conclusión del mismo.

Episodio 3: Familia
De vuelta en Nueva York, Mohinder se pone muy nervioso cuando encuentra una hasta ahora desconocida pintura de Isaac Méndez, que predice la muerte de alguien muy cercano a él. Por su parte, West le descubrirá su habilidad a Claire mientras H.R.G. seguirá con sus planes secretos. Decididos a llegar a Estados Unidos, Maya usa sus mortales habilidades para liberar a Alejandro de una cárcel en México. Mientras tanto, en el Japón feudal, justo cuando Hiro consigue perdonar a Kensei, su héroe de la infancia le sorprende. Niki y un héroe hasta ahora perdido, cada uno por su cuenta, se ven involucrados en asuntos bastante turbios para conseguir sus objetivos. Peter se verá obligado a realizar algo malo con tal de recobrar su identidad, poco después, algo lo hará dudar poniendo así en riesgo su pasado y tal vez su futuro. Sylar reaparece misteriosamente y no tardará en hacer de las suyas.

Episodio 4: La bondad de los desconocidos
Mientras trabaja en un local de comida rápida, Monica Dawson comienza a descubrir sus nuevas habilidades, desconocidas para su hermano Damon, su abuela Nana y su primo Micah. Angela Petrelli, por su parte, hace una sorprendende confesión cuando se revela más información sobre la generación anterior de Héroes. Con el 'hombre del saco' de Molly convirtiendo los sueños de la pequeña en auténticas pesadillas, Matt le pide que deje sus miedos atrás y le localice en el mapa, cosa que acaba con terribles resultados. H.R.G., sospechando que Claire tiene un nuevo novio, teme por lo que pueda pasar en el futuro. Y finalmente, cuando Maya y Alejandro ya están llegando a Estados Unidos, se encuentran en su camino con una sorpresa bastante inesperada.

Episodio 5: Huir o luchar
En Irlanda, un héroe perdido amenaza con volver al pasado, pero descubrirá que una misteriosa mujer está tratando de encontrarlo y está dispuesta incluso a matar. Matt y un inesperado aliado volarán a Philadelphia para buscar al boogyman, siguiendo el terrible ataque a Molly, pero ambos encontrarán una ventaja. Mónica trata de controlar sus nuevas habilidades y comprobar cuál es su papel cómo héroe local. Suresh encontrará un nuevo socio y conseguirá una nueva misión bastante perturbadora. Noah dará un paso más para proteger aún más a su familia. Mientras tanto Hiro continúa atrapado en el Japón feudal, mientras que Ando intenta unir las piezas de lo que le está pasando a su amigo en el pasado.

Episodio 6: Mantenerse a raya
West convencerá a Claire para que le enseñe a la líder de las animadoras, Debbie, una lección que no olvidará nunca, al creer que Claire es demasiado normal para unirse al equipo. Mientras tanto Suresh encarará un dilema moral muy grave con la Compañía, H.R.G. irá a visitar a su mentor ruso en un esfuerzo para localizar las últimas pinturas proféticas de Isaac. Mientras tanto, cerca de la frontera de Estados Unidos, Alejandro llegará a tener serias dudas sobre Sylar y sus verdaderas intenciones, especialmente hacia Maya. Peter y Caitlin buscarán una misteriosa puerta que él pintó y que dirige a un lugar sorprendente. En el Japón feudal, al procurar arreglar la historia, Hiro tendrá que luchar contra sus sentimientos hacia Yaeko.

Episodio 7: Sin tiempo
Cuando una de sus olvidadas habilidades aparece de repente, Peter y Caitlin serán lanzados ante una situación de crísis, y aprenderá de primera mano cuán mortal puede llegar a ser el misterioso virus que sólo afecta a las personas con poderes. Suresh, Matt, Nathan, Niki y Bob se unirán para enfrentarse contra el ataque del hombre pesadilla. A pesar de todos los esfuerzos de Claire, West se dará cuenta que fue H.R.G. quién lo raptó de pequeño. Mientras tanto en el Japón Feudal, Hiro y el legendario Kensei empezarán un viaje que dará un final con un dramático giro.

Episodio 8: Cuatro meses antes
Cuándo el reloj de vueltas atrás en el tiempo, veremos a todos los Héroes retroceder cuatro meses. Nathan pagará un terrible precio por sus acciones heroicas. Mientras Peter sobrevivirá a la detonación de Nueva York, pero la Compañía lo etiquetará como una amenaza para el mundo y esto lo llevará a enfrentarse contra Elle y el Haitiano. DL hará su último sacrificio por Niki y Micah. Maya manifestará de manera espantosa sus oscuros poderes por primera vez y empezará el largo viaje junto con su hermano. Un rostro familiar será introducido.

Episodio 9: Lecciones de nuestros padres
Convencido de que la Compañía está cerca de encontrarlos, H.R.G. prepara a su familia para huir, pero Claire tiene otra idea. Mientras tanto, Hiro vuelve del pasado y conocerá la muerte de su padre. Apesadumbrado volverá al pasado y hará un descubrimiento personal. Después de un cargado primer encuentro con Elle, Suresh tomará una decisión que hará cambiar su forma de vivir. Mientras tanto, Matt luchará con la expansión de sus habilidades mentales; Maya y Alejandro serán puestos a prueba durante el viaje con Sylar. Peter encontrará a alguien que podrá ayudarle a recuperar la memoria.

Episodio 10: La verdad y sus consecuencias
Peter viajará a Primatech en Texas con su nuevo amigo para destruir el virus, que matará al 93% de la población mundial en el futuro, o eso es lo que él cree. Niki volverá junto con Micah con malas noticias. Para hacer lo correcto, Mónica pondrá sus habilidades a prueba, mientras Hiro persigue al asesino de su padre. Matt usará sus poderes para localizar a la última persona en la foto de La Compañía. Además Nathan descubrirá que su hermano sigue vivo. A las afueras de Nueva York, Maya tendrá que escoger entre Alejandro y Sylar.

Episodio 11: Sin poderes
Maya descubre lo que ocurrió con Alejandro, Peter junto a Adam (Takeso Kensei), entran a la sede de la compañía en Odessa, Texas, donde se encuentran con Hiro, quien trata de detenerlos, pero Peter lo derrota dos veces; después con la ayuda de Parkman y Nathan logran hacer cambiar de parecer a Peter, y así enfrentar a Adam. Hiro se queda a solas con Adam y se lo lleva asegurando saber como matarlo (lo encierra en un ataúd), aun así de forma imprevista Adam intenta liberar la cepa del virus Shanti. Maya muere a manos de Sylar, pero es utilizada para probar la nueva cura, reviviendo inmediatamente. Al querer salvar a Mónica, Niki se encuentra en una situación inesperada, aparentemente muere atrapada en un incendio al perder sus poderes. Peter salva al mundo de que el virus sea liberado, después de esto, junto con Parkman y Nathan deciden contar todo lo que saben para detener a la compañía. Noah vuelve a su casa sorprendiendo a toda su familia, pero lo hizo solo para detener a Claire para que derribe a la compañía, puesto que hizo un trato con Bob. Nathan, dando la conferencia para decir toda la verdad acerca de la existencia de personas con poderes sobrenaturales, es víctima de un atentado frente a toda la multitud. Al final, Sylar utiliza la sangre de Claire y recupera sus poderes después de huir de Elle, quien intento atraparlo para salvar su reputación ante su padre.

Primera Temporada 

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