La Segunda Temporada de CSI: Miami se estrenó el  22 de septiembre de 2003 y tiene 24 episodios.

Episodio 1: Hermanos de sangre
Horatio y Alexx acuden a un cruce de calles donde yace el cuerpo sin vida de una bella joven tras ser arrollada por un vehículo. Las marcas de neumáticos halladas en el asfalto demuestran que se trata de una caso de asesinato. Poco después, Alexx practica la autopsia a la joven y descubre en un bolsillo numerosos billetes de 100 dólares y en la palma de una mano varios fragmentos de vidrio azul.

Episodio 2: Zona muerta
Horatio y su equipo de forenses del C.S.I. se sumergen en una nuevo caso cuando el cuerpo de Paul Jackson aparece ahorcado en el interior de un barco. En la autopsia del cadáver, Alexx descubre restos de coral en las manos de Jackson y manchas de tinta en las yemas de sus dedos. Todo hace pensar que estuvo buceando justo antes de su muerte. Horatio, por su parte, averigua que las manchas encontradas en las manos del cadáver se deben a la reacción de la plata al entrar en contacto con el agua del mar. El forense determina que Paul Jackson era un cazador de tesoros submarinos.

Episodio 3: Mal momento
El equipo de forenses del C.S.I. se sumerge en un nuevo caso cuando el cuerpo de Peg Donovan aparece hinchado, lleno gusanos y en estado de descomposición en un apartamento en construcción. Alexx llega al escenario y no se da cuenta de que la víctima aun vive. La sorpresa llega cuando Horatio se da cuenta de que la mujer todavía respira. La médico forense achaca su error al fuerte olor a descomposición y al gran número de moscas existentes en el cuerpo.

Episodio 4: Agarre mortal
El equipo del C.S.I. trabaja a contrarreloj para resolver la desaparición de una joven tenista. Tras recibir una llamada de madrugada, Horatio y el resto de forenses se personan en la vivienda donde supuestamente han sido secuestradas Lana Walker, de 14 años, y su hermana Molly, de cinco. Una corazonada de Horatio, le hace encontrar a la menor de las hermanas dentro de la secadora. Cuando le preguntan por el paradero de Lana, Molly sólo acierta a decir que se la ha llevado un monstruo. Las investigaciones conducen a los forenses a descubrir el brazo amputado de una joven que parece haber sido desgarrado por un caimán.

Episodio 5: La mejor defensa
El equipo de C.S.I. se enfrenta a un doble asesinato donde la noche, las drogas y el lujo son los protagonistas. En el bar Tropos, uno de los locales de moda de Miami, Horatio y Yelina encuentran el cuerpo sin vida de dos hombres y un superviviente, Ricky Murdoch, con dos disparos en el pecho.

Episodio 6: Huracán Anthony
El equipo del C.S.I. se sumerge en la investigación de un nuevo caso cuando un matrimonio que se dirigía en busca de cobijo durante el azote del huracán Anthony, ve cómo un cuerpo humano choca contra su automóvil. Tras examinar el cadáver, Alexx determina que el automóvil no arrolló a la víctima y que el impacto se produjo como consecuencia de la fuerza de la tormenta.

Episodio 7: Gran premio
El equipo de C.S.I. acude al circuito de Miami que acoge el Gran Premio de Fórmula 1, competición deportiva en la que acaba de fallecer Chris Petrie, mecánico de una de las escuderías. Aparentemente, la víctima murió cuando el monoplaza del piloto Jimmy Hutton entró en boxes a repostar. El combustible que Petrie bombeaba al vehículo acabó carbonizándolo.

Episodio 8: El gran hermano
Horatio y Yelina acuden a un edificio de oficinas donde ha sido hallado el cuerpo sin vida de Stephen Bremen, un hombre de negocios. Los investigadores determinan que el arma del crimen ha sido un cuchillo de cazador.

Episodio 9: Cebo
Una mujer que ha sido atacada por un tiburón muere, pero se descubre que antes la habían disparado. El caso se complica cuando uno de los colaboradores del CSI se convierte en sospechoso. La fallecida trabajaba para una agencia privada de investigación, especializada en poner 'un cebo' a hombres casados sospechosos de ser infieles.

Episodio 10: Extremo
Horatio, Alexx y Yelina acuden a un parque de la ciudad en el que ha sido hallado el cuerpo sin vida de una bella joven. Alexx observa que la víctima lleva un modelo de alta costura de la pasada temporada y una exclusiva pulsera de brillantes en una de sus muñecas. Cuando Alexx mueve el cuerpo, descubre que la mujer murió antes de caer en la hierba por lo que los investigadores se sumergen en un nuevo caso de asesinato.

Episodio 11: Complicaciones
Horatio y Yelina llegan a un apartamento en cuyo techo se encuentra colgado el cuerpo sin vida de Carlos Garza. Poco después, Calleigh informa a sus compañeros que el fallecido es un anestesista de una clínica de estética. Tras examinar el apretado nudo de la cuerda, Delko descarta un posible suicidio, ya que los suicidas suelen dejar el nudo más suelto. Además, los investigadores encuentran en uno de sus muslos restos de silicona en gel, producto utilizado en las intervenciones de liposucción.

Episodio 12: Testigo de un crimen
Horatio llega al escenario en el que se encuentra el cuerpo sin vida de Richard Beckham, un hombre de negocios, y allí conoce a Eugene, un discapacitado mental que ha sido testigo del asesinato producido durante un aparente conflicto entre conductores. Calleigh, por su parte, halla el arma de Beckham, pero antes de que Alexx pueda ayudarle a buscar la bala ésta se ve obligada a dejar el lugar para investigar un nuevo crimen.

Episodio 13: Lucha sangrienta
Un vendedor de tabaco es encontrado en su tienda golpeado, mutilado, y asesinado con un chaveta, un instrumento que hace cigarros con una lámina que sobresale. La investigación conduce a Horatio hasta un grupo que ayuda a refugiados cubanos. En la ciudad, un hombre de 25 años es matado a tiros cuando retiraba el dinero de un cajero automático, pero el motivo no aparece ser el robo del dinero efectivo que él retiró.

Episodio 14: Combustión letal
Un incendio arrasa una zona pantanosa a la que han acudido Alexx y Delko para investigar un nuevo caso. Rick Cuthbert les muestra el cadáver de un cazador al tiempo que les asegura que el fuego está bajo control. La víctima, Wade Thomas Hinkle, fue asesinado de un disparo y parece como si hubiera sido arrastrado hacia dicho lugar, sin embargo, el incendio se extiende rápidamente y los investigadores se protegen junto al cuerpo de Wade en un refugio de la amenaza de las llamas.

Episodio 15: Paparazzi
Horatio acude a una exclusiva urbanización de Miami, lugar en el que ha sido hallado el cuerpo sin vida del reportero gráfico Jerry Dorfman. Aparentemente el fotógrafo falleció después de que su coche se estrellara contra una pared de cemento. Alexx cree en un primer momento que el hombre murió como consecuencia de lesiones internas, hasta que el cadáver es extraído del vehículo con claros signos de asfixia.

Episodio 16: Invasión
ed Henderson, un ex–surfista profesional, se encuentra viendo un video en su domicilio con su esposa Joanna y su hijo Jason, mientras esperan su habitual pedido de pizza. Cuando suena el timbre, el chico abre la puerta y dos enmascarados irrumpen en el hogar y atacan a la familia. El adolescente es golpeado con un bate de baseball, su madre es confinada en uno de los dormitorios y el padre es asesinado de un disparo en el garaje de la casa.

Episodio 17: Dinero a cambio de nada
Horatio se encuentra en una oficina inmobiliaria del centro de la ciudad junto a Suzie Barnum, la ex-amante de su hermano, y Madison, la hija de ésta y sobrina de Caine, porque ha decidido ayudar a ambas mujeres para que alquilen un apartamento mejor. Mientras tanto, se produce en las inmediaciones de donde se encuentra Horatio el asalto a un camión blindado de la Reserva Federal.

Episodio 18: Aspirante
Horatio y Alexx acuden a un nuevo escenario en el que ha sido hallado el cuerpo sin vida del gangster israelí Avi Golan. Tras examinar el cuerpo y el arma del crimen, Caine afirma que el asesinato del hombre ha sido cometido por un profesional.

Episodio 19: Fecha límite
Horatio y su equipo acuden a un edificio abandonado, donde se ha producido un asesinato. La víctima es Mike Griffith, informante del periodista Josh Dalton, quien se encontraba junto a él en el momento del tiroteo. Caine recuerda bien a Dalton, ya que hace un par de años publicó un artículo negativo sobre la labor del C.S.I.. Cuando el jefe de los forenses descubre el capuchón del bolígrafo del periodista en el charco de sangre del fallecido, Josh se apresura a explicar que dicho objeto cayó ahí tras el ataque.

Episodio 20: El juramento
Mallory Jacobs, una chica de 17 años, se desconcierta cuando un coche de policía le obliga a parar su vehículo repentinamente. El oficial Dan Cofield se acerca al automóvil de la joven y se derrumba en el suelo mientras expulsa sangre por su boca. Horatio y el equipo del C.S.I. descartan que Mallory tuviera algo que ver con el asesinato del policía y creen que el fallecido huyó en el coche policial del lugar en el que fue disparado.

Episodio 21: No aterrizar
Los bañistas de Miami Beach se sorprenden cuando una avioneta se estrella repentinamente en la playa. El equipo de forenses llega al lugar de los hechos, examina el exterior del avión y descubre que el piloto ha ocultado los números de registro de la cola del aparato. Horatio, por su parte, observa cómo una manguera sobresale de la parte inferior de la avioneta, situación que prueba que la aeronave fue manipulada por alguien antes del siniestro.

Episodio 22: Antecedentes
En un local nocturno de la ciudad se celebra un concierto de rap, evento que graba una televisión por cable. Cuando la estrella, 10-Large, sube al escenario el público enloquece. Poco después se producen varios disparos con resultado de muerte.

Episodio 23: Miami-Nueva York sin escala
Laura Spelman, una adolescente, regresa a su casa por la noche y descubre que sus padres han sido asesinados durante su ausencia. Poco después, Horatio acude al lugar del crimen junto a su equipo para recoger pruebas. Caine afirma que la madre fue asesinada antes que el padre, quien luchó con el agresor antes de que le cortara la garganta. La hija queda aterrorizada cuando el jefe de los forenses le informa que será protegida judicialmente hasta que el asesino sea llevado ante los tribunales.

Episodio 24: Inocente
Caine acude al lugar en el que una pareja ha hallado el cuerpo sin vida de la famosa intérprete. Poco después, Yelina interroga a Kyle y a Gina, los jóvenes que encontraron el cadáver, quienes aseguran a la detective que únicamente tocaron el teléfono móvil de la víctima.

Primera Temporada

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