La tercera temporada de Monk se estrenó el 18 de junio de 2004 y tiene 16 episodios.

Episodio 1: El sr. Monk toma Manhattan
Monk viaja hasta Nueva York para averiguar cuál era la conexión entre Trudy y Warrick Tennyson. Mientras se registra en el hotel, se desencadena una matanza que concluye con tres cadáveres.

Episodio 2: El sr. Monk y la habitación del pánico
Un productor musical es encontrado muerto en una habitación con balas en todo su cuerpo, lo que descarta las posibilidades de accidente y suicidio. El principal sospechoso es su chimpancé mascota.

Episodio 3: El sr. Monk y el apagón
Tres muertes sucedidas durante un apagón que afecta a toda la ciudad llevan a una investigación conjunta entre Stottlemeyer, Monk, Sharona y Disher, más la extraña cooperación del FBI en el caso.

Episodio 4: El sr. Monk es despedido
Karen Stottlemeyer decide rodar un documental acerca del trabajo de su marido, pero el momento escogido no podía ser peor. El comisario echa la bronca al capitán y asigna a Monk un complicado caso.

Episodio 5: El sr. Monk conoce al Padrino
En una peluqueria son asesinados cinco gangsters. El sospechoso es un empleado de la casa de la moneda. Monk es contratado por el principal mafioso de la ciudad para investigar el caso.

Episodio 6: El sr. Monk y la pastorcilla
Después de varios encuentros con un terrorífico sujeto que nadie más parece ver, Sharona comienza a dudar de su propia cordura, y Stottlemeyer recomienda a Monk que le dé unas vacaciones.

Episodio 7: El sr. Monk y el empleado del mes
Una empleada de una cadena gigante de comercios muere cuando le cae encima un televisor. Monk comienza a investigar avisado por el jefe de seguridad de la tienda, que es un antiguo compañero.

Episodio 8: El sr. Monk y el programa concurso
Mientras Sharona está en Nueva Jersey visitando a su madre, Monk queda al cuidado de su molesto e incompetente vecino de arriba. Todo se complica cuando llega la visita del padre de Trudy. 

Episodio 9: El sr. Monk se toma su medicina
El capitán Stottlemeyer es disparado en el hombro por un asaltante misterioso. Monk comienza a investigar, pero sucesivos errores le llevan a tomar un medicamento que elimina sus fobias.

Episodio 10: El sr. Monk y la pista falsa
Sharona vuelve a casarse con su ex-marido, y teniendo Monk que sobrevivir con otro ayudante durante tres meses, confunde a una mujer que va a pedirle ayuda con una aspirante para el puesto.

Episodio 11: El sr. Monk contra la cobra
El autor de la controvertida biografía acerca de un famoso experto en artes marciales es encontrado muerto en su casa. El principal sospechoso sería el luchador, pero lleva muerto seis años.

Episodio 12: El sr. Monk se agobia
Después de presenciar un asesinato entre mafias, Monk tiene que permanecer en una casa segura del FBI (una cabaña en un bosque). Una mañana, se despierta súbitamente tras oír el grito de un hombre.

Episodio 13: El sr. Monk y el atasco
Un choque múltiple de vehículos hace que Monk, Natalie y Julie queden atrapados en la autopista. Monk deduce que el piloto del primer coche que colisionó ya estaba muerto cuando sucedió el accidente.

Episodio 14: El sr. Monk se va a Las Vegas
Monk recibe una llamada de teléfono de Stottlemeyer que, borracho, se ha ido a Las Vegas en una despedida de soltero. Una vez allí, sospecha que el propietario de un casino ha matado a su mujer.

Episodio 15: El sr. Monk y las elecciones
Natalie ve peligrar su vida cuando un francotirador mata a un guardia de seguridad en los cuarteles generales en los que presenta su candidatura para el consejo escolar del próximo colegio de su hija.

Episodio 16: El sr. Monk y el niño
Después de que un niño de dos años encuentre un dedo en un parque, Monk va al lugar para reconstruir los pasos del niño y averiguar dónde lo encontró. Pronto, el detective se encariñará del pequeño.

Segunda Temporada
Primera Temporada 

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