La segunda Temporada de Eureka se estrenó el 10 de julio de 2007 y tiene 13 episodios.

Episodio 1: El ave Fénix
Henry Deacon y Jack Carter tienen diferentes opiniones sobre el pasado. Henry intenta convencer a su amigo de que lo mejor es mirar hacia el futuro y del pasado que no ha sido real, quedarse sólo con los recuerdos. Pero Henry, está convencido de que el futuro se puede cambiar si lleva a cabo su experimento.

Episodio 2: Intentarlo y volverlo a intentar
Allison será ahora la directora de Global Dynamics en sustitución del doctor Stark, que no parece llevar muy bien que le hayan relegado. Pero el primer día como jefa para Allison no será nada tranquilo: desaparece un prototipo de la cámara acorazada cuyo uso puede llegar a ser peligroso. Fargo será quien accidentalmente se vea relacionado con este robo.

Episodio 3: Impredecible
El sheriff Jack Carter se enfrenta a una dura jornada no sólo laboral, también personal. Con motivo del cumpleaños de su hija, Jack decide organizarle una fiesta de cumpleaños. Sin embargo, lo que no se imagina es que será él el que se lleve la sorpresa con la llegada de Abby, su ex mujer y la madre de Zoe.

Episodio 4: Los juegos de la gente
El sheriff Carter comienza a vivir experiencias extrañas como consecuencia de recibir un fuerte golpe en la cabeza. Las situaciones son tan inverosímiles como la desaparición de manera inesperada de gente con la que está hablando, y ni siquiera nadie recuerda hechos que han ocurrido en el mismo día.

Episodio 5: La feria de las ciencias
Los ciudadanos de Eureka se muestran atemorizados ante la celebración del evento más peligroso de la ciudad: la Feria de la Ciencia. Aunque el sheriff Jack le resta toda la importancia a dicho evento, su ayudante Jo considera que es uno de los peores momentos del año debido a lo que en Eureka denominan ‘el fin del mundo con acné’. Se trata de una gran fiesta en la que se reúnen todos los adolescentes con acceso a las últimas tecnologías.

Episodio 6: Noche de sueños
Un nuevo y peligroso riesgo vuelve a amenazar la peculiar ciudad de Eureka. En esta ocasión, sus excéntricos ciudadanos se enfrentan a un vertido tóxico que ocasiona extraños efectos letales.

Episodio 7: Reencuentro familiar
La población de Eureka vive un caso inédito. Al parecer, Global Dynamics encuentra a una persona que lleva al menos congelada unos cincuenta años: el tiempo que tiene la máquina donde fue encontrado. Este hombre que despierta confundido parece que es Pierre Fargo, el abuelo del conocido Fargo. Jack, tras la insistencia del nieto, comienza a investigar por qué Pierre fue congelado. 

Episodio 8: E-MC...?
Los excéntricos habitantes de Eureka ponen en marcha un peligroso experimento relacionado con la invisibilidad. Zane Donovan, un joven talento especializado en Física de Partículas, es detenido por el FBI tras diferentes delitos cometidos aprovechándose de sus conocimientos. Sin embargo, Eureka, que no quiere perder la oportunidad de incorporar un nuevo científico a sus calles, solicita que sea admitido como un nuevo vecino. Sin embargo, el sheriff Carter no verá con buenos ojos esta propuesta. 

Episodio 9: Lo nunca visto
La ciudad de Eureka parece recibir una extraña radiación desde Global Dynamics. Cuando comienzan la investigación, las primeras especulaciones se dirigen hacia un proyecto relacionado con la invisibilidad. Este proyecto olvidado para muchos, fue abandonado hace años. Sin saberlo, el sheriff Carter y su hija Zoe se verán envueltos en los efectos de este accidente. Algo invisible se cruzará en sus caminos. 

Episodio 10: Dios está en los detalles
Zoe y sus amigas comienzan a quedarse sin voz, sin motivo aparente. Sus cuerdas vocales se paralizan y las chicas se quedan mudas. Desde Global Dynamics comenzarán las investigaciones. Cuando en Global Dynamics comienzan a investigar este extraño hecho, otra plaga comienza a hacer efecto en Allison, que comienza a brillar con luz propia. Al parecer, Un antiguo proyecto relacionado con la luminiscencia, puede estar relacionado.

Episodio 11: Devoradora de hombres
El sistema de aire acondicionado se estropea. Bob Stone, el especialista en este sistema esencial ha desaparecido, así que encontrar la solución se complicará sobremanera para Jack y Henry. Además, este calor parece provocar una extraña tensión sexual entre algunos habitantes. Sobre todo en Jack Carter, que no deja indiferente a ninguna mujer que esté cerca suya. 

Episodio 12: Todo lo que reluce
El pueblo se verá amenazado por varios acontecimientos destructivos y de origen desconocido. El principal sospechoso de estos misteriosos hechos es un artista que no se llevaba muy bien con Stara cuando estuvo trabajando en Global Dynamics.

Episodio 13: Una noche en Global Dynamics
El sheriff Carter y Stara tienen que trabajar juntos para combatir un agresivo virus que se extiende por Eureka.

Primera Temporada 

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