La segunda temporada de Numb3rs se estrenó el 23 de septiembre de 2005 y tiene 24 episodios.

Episodio 1: Llamada final
Conjuntamente con David Sinclair y el nuevo agente del FBI Colby Granger, Don descubre un peligroso código secreto durante la ejecución de una redada, y necesitará de la ayuda de Charlie para revelar su contenido. Utilizando el modelo teórico de un juego matemático, Charlie llegará a la raíz de un aterrador plan: el asesinato de un colombiano exiliado en la ciudad de Los Angeles.

Episodio 2: Bien y mal
Don utilizará toda la experticia de Charlie y Megan cuando los agentes del FBI sean llamados a la escena del crimen, sitio donde la esposa de un juez federal ha sido brutalmente asesinada. Una mirada a los expedientes manejados por el juez podría revelar la oculta y vengativa identidad del asesino.

Episodio 3: Obsesión
El robo en una joyería termina por convertirse en un caso de secuestro, cuando la joven hija y la esposa del propietario son raptadas por criminales. Pero una vez que Don y su equipo se adentran en el caso, queda al descubierto que el asalto quizás no fue tan sorpresivo para el dueño.

Episodio 4: Riesgo calculado
Cuando un acosador irrumpe en la casa de un famoso cantante de pop, Don y sus compañeros serán solicitados para llevar a cabo la investigación. Utilizando las cartas y notas de los fanáticos como evidencia, Don necesitará de Charlie para aplicar un modelo de escritura perteneciente al Sistema de Información Forense, y así descubrir la identidad de un perturbado imitador.

Episodio 5: Asesinos
Don y Megan son convocados a la escena de un crimen. El motivo: el sospechoso asesinato del jefe de la oficina financiera de una inmensa corporación. Pero las cosas parecerán complicarse mucho más cuando el único testigo sea el hijo de la victima de 11 años.

Episodio 6: Al blanco
Durante la semana en la que tendrá lugar una serie de ejercicios anti-terroristas Don y su equipo recibirán la alerta sobre una amenaza que pondrá en riesgo la vida de todos los agentes: Una mente psicópata les amenaza con liberar un gas potencialmente letal en el sistema de ventilación del subterráneo.

Episodio 7: Convergencia
Al aumentar de manera drástica el número de violencia en un vecindario, Don y sus agentes deberán ocuparse del caso para controlar la situación de inmediato. Tras revelarse que las víctimas han sido rastreadas a través GPS de sus celulares, Charlie aplicará un procedimiento de análisis de datos que conectará los robos con el negocio sucio de una compañía de telecomunicaciones.

Episodio 8: A la vista
Megan y el equipo de agentes del FBI interceptan las actividades de un enorme laboratorio de metanfetaminas, pero pierden la pista de su líder cuando éste detona una bomba y logra escapar. Pero una vez que Charlie comience a trabajar en el disco duro de una computadora abandonada en la escena, será una fotografía la que los lleve a la resolución del caso.

Episodio 9: Toxina
Cuando un considerable grupo de personas de la ciudad de Los Angeles comienza a padecer terribles ataques como resultado de la alteración química de un producto, Don y el resto de sus compañeros descubren que un antiguo farmaceuta se oculta tras la planificación de este desequilibrado crimen.

Episodio 10: Huesos de contención
Cuando una investigadora especializada en antigüedades sea asesinada en el museo donde trabaja, Don y Megan habrán de necesitar la ayuda de Charlie para descubrir el secreto oculto tras el desaparecido y primitivo cráneo de un antiguo aborigen de Wiyana.

Episodio 11: Cálculo riguroso
Un pirómano en serie inicia el fuego en un concesionario de automóviles que deja como víctima fatal a un joven vendedor. Don y su equipo son llamados para encabezar la investigación y establecer las posibles conexiones entre el ataque y un grupo de radicales ambientalistas.

Episodio 12: Cifras...
Cuando Don y el resto de sus compañeros son llamados a cubrir el asesinato del miembro de una pandilla de Los Angeles, serán sorprendidos al desenmascarar la verdadera identidad de la víctima: un agente encubierto del FBI. Ahora Don deberá obtener todas las pistas posibles sobre su muerte, adentrándose en el territorio de los pandilleros enemigos.

Episodio 13: Abajo
La investigación de un homicidio ejecutado en un club de apuestas conduce a Don, y a sus agentes, a desentrañar una complicada estrategia de cuentas que involucra a un grupo de estudiantes universitarios, cuyas vidas ahora pueden estar pendiendo de un delgado hilo.

Episodio 14: Cosecha
Cuando una adolescente asiática es encontrada en el sótano de un viejo hotel del centro de la ciudad, las señales de tortura comenzarán a hablar por sí solas. La investigación revelará que la joven, y otras tres mujeres desaparecidas, son las posibles víctimas de un mercado negro encargado del tráfico de órganos.

Episodio 15: Hombre al escape
Un sintetizador de ADN ha sido robado del campus universitario en el que Charlie es profesor. Con la capacidad de personalizar cualquier patrón de enfermedades, la desaparición de este importante artefacto despertará en Don la terrible sospecha de que un posible grupo de terroristas podría estar involucrado.

Episodio 16: Protesta
Don y su equipo investigan un mortal bombardeo anti-guerra en las afueras de un centro de reclutamiento militar que ha dejado como víctimas a varios inocentes. Pero las averiguaciones asumirán un tono personal cuando, sorpresivamente, se revele información clandestina sobre el pasado del padre de Don y Charlie.

Episodio 17: Juegos secretos
Los agentes del FBI y Don son llamados a poner en práctica todos sus conocimientos, cuando un equipo de búsqueda da con el remoto paradero de tres mujeres brutalmente asesinadas. El caso se vuelve aún más misterioso una vez que Don deduce que el equipo de rastreo fue guiado a la escena por un psíquico.

Episodio 18: All's fair
En un esfuerzo por encontrar al asesino de una mujer iraquí, Don recluta la ayuda del primo de la víctima, que vive en Los Angeles. Gracias a su primo, Don descubre información inquietante sobre la conexión de la mujer con Saddam Hussein, que podría conducir a su asesino. Mientras tanto, Charlie se reune con su ex-novia, una neuropsicologa popular.

Episodio 19: Asunto oscuro
Mientras que Don y su equipo investigan el motivo que se oculta tras el tiroteo en una escuela, Charlie usará el sistema de identificación de frecuencias de la radio de la academia para rastrear los movimientos de los culpables a través de los pasillos de la institución. Un patrón anormal pondrá en evidencia a un tercer participante en el crimen.

Episodio 20: Pistolas y rosas
Al encontrar un agente ATF muerto en inusuales circunstancias, Don decide tomar el caso, que gira en torno a un elaborado robo de bancos, una vez que descubre que la víctima es su ex novia. Mientras la presión de su trabajo aumenta, Don reconocerá el impacto que su vida profesional deja sobre su vida personal.

Episodio 21: A la deriva
Luego de que un desconocido hombre abre fuego directamente contra las oficinas del FBI, Don y su equipo deberán investigar bajo qué motivos realizó el ataque y su peligrosa conexión con un traficante de armas en juicio. Después de casi ser herido en el tiroteo, Charlie se mostrará renuente y temeroso de volver a las oficinas.

Episodio 22: A prisa
Una investigación del FBI sobre un hacker estafador de computadoras, quien ha estado intentado irrumpir en el sistema de bancos, se convertirá en un asunto personal y peligroso para Don y su familia.

Episodio 23: Códigos secretos
El FBI quedará involucrado en la investigación cuando los cuerpos sin vida de varias jóvenes asiáticas sean encontrados en una playa y puedan convertirse en una potencial fuente de la gripe aviaria. Mientras las averiguaciones continúan, Don y su equipo descubren una conexión entre las chicas y una industria comerciante de sexo.

Episodio 24: Números confusos
Cuando dos mujeres son encontradas muerta por sobredosis de droga evidente, Don sospecha de un asesino en serie. La ayuda de Charlie sobre el caso de Don se dificulta por un sueño extraño sobre su madre.

Primera temporada

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