La segunda temporada de Scrubs se estrenó el 26 de septiembre de 2002 y tiene 22 episodios.
Episodio 1: Mi capacidad de destrucción
Después de que Jordan contara que durmió con J.D., éste se espera lo peor por parte del Dr. Cox. Sin embargo, el Dr. Cox se muestra indiferente. Esto para J.D. es peor que la rabia.
Episodio 2: Mi noche estrellada
Con la adaptación a sus nuevas posiciones en el hospital, los residentes emprenden una búsqueda para encontrar diferentes identidades. De hecho, J.D. se siente más doctor y, orgullosamente, se pone su bata blanca delante del portero y del Dr. Cox.
Episodio 3: Mi caso de estudio
Una persecución de la policía, que está siendo televisada, termina con uno de los coches estrellándose en el aparcamiento del hospital. Elliot se encarga del oficial Berson y Turk del conductor del coche.
Episodio 4: Mi bocaza
El hermano mayor de J.D., Dan Dorian, ha llegado a la ciudad para una visita corta. Dan se siente atraído por Elliot, pero J.D. le dice que él ya ha dormido con ella. En el almuerzo, Dan trata de bromear con Elliot para sacarle información sobre cómo era en la cama. Ella insinúa que estaba bien, pero que no era tampoco un genio.
Episodio 5: Mi bata
Elliot y Carla se dan cuenta de que no tienen nada en común excepto J.D. y Turk. Como consecuencia, Elliot trata de encontrar cosas ordinarias en las que puedan coincidir, mientras que Carla le resta importancia al asunto..
Episodio 6: Mi hermano mayor
J.D. se da cuenta de que no sabe mucho sobre Carla. Cuando intenta acercarse a ella, ésta le cuenta que no es muy buena abriéndose a la gente. Tras contarle un secreto, J.D. se lo dice a Turk, y Carla terminará enfadada con J.D..
Episodio 7: Mi primer paso
J.D. y Elliot todavía se debaten sobre quien será el mejor doctor en diagnosticar enfermedades. Paralelamente, la relación entre Carla y Turk se debilita cuando, como una sorpresa, Turk paga a Carla la escuela de enfermería práctica.
Episodio 8: Mis copas de frutas
Un anuncio de Jordan llega por sorpresa al Dr. Cox, y éste último debe escoger entre ella y la atractiva farmacéutica. Por otro lado, la decisión de Elliot de hacer frente a su padre le hace perder el apartamento.
Episodio 9: Mi día de suerte
Carla está disgustada al ver que el doctor Cox ha vuelto con Jordan y decide decirle que debería pensarse bien su decisión. El doctor Cox no se toma nada bien este aviso y le cuenta a Jordan todo lo que Carla le dijo.
Episodio 10: Mi monstruo
La vida amorosa de J.D. vuelve a cambiar debido a una cita con una cajera de supermercado muy sexy. Por otro lado, el embarazo de Jordan continúa llevando a la locura al doctor Cox. Elliot, mientras tanto, trata de encontrar un sitio para dormir cada noche.
Episodio 11: Mi compañera sexual
Tanto J.D. como Elliot tratan de recuperar el tiempo perdido. Ambos se sienten decepcionados por haber terminado su relación como pareja, pero los dos médicos intentarán ser al menos buenos amigos. Por otro lado, el doctor Cox ignora los síntomas de un paciente hipocondríaco que realmente está poniéndose enfermo.
Episodio 12: Mi nueva vieja amiga
Elliot y J.D. comienzan a dormir de nuevo juntos cuando ella se muda a vivir con él temporalmente.
Episodio 13: Mi filosofía
Turk le pide a Carla matrimonio y recibe una respuesta inesperada. Elliot hace campaña a favor de un vestuario femenino.
Episodio 14: Mi hermano, mi guardián
Mientras Turk espera la respuesta de Carla, su hermano le revela noticias sobre su propio matrimonio.
Episodio 15: Su historia
La paciencia de Turk se está acabando esperando la respuesta de Carla a su proposición de matrimonio.
Episodio 16: Mi karma
J.D. y Turk experimentan con el buen y el mal karma. Mientras, Turk y Carla finalmente se comprometen y todo el mundo les felicita.
Episodio 17: Mi tío de prácticas particular
J.D. se siente culpable por sentirse atraído por la esposa de un paciente en coma. Por otro lado, Elliot trata de darle morbo a su vida sexual y termina sintiéndose aún más insegura en su relación con Paul.
Episodio 18: Mi TBC
J.D. descubre otro de los secretos entre Jordan y el Dr. Cox. Carla cree que su anillo de compromiso le ha quitado todo el apetito sexual y Turk y el Dr. Kelso encuentran significados alternativos a liberar la tensión del trabajo.
Episodio 19: Mi reino
La corta experiencia de J.D. con las muchedumbres le distancia de su mejor amigo. Entre tanto, la relación de Elliot y Paul está progresando hacia el siguiente nivel. El Dr. Cox y el Dr. Celso, por su parte, se hacen jugarretas el uno al otro.
Episodio 20: Mi interpretación
J.D. tiene otros pensamientos sobre su relación con Jamie. Además, un sueño de Elliot perturba a Turk. El Dr. Cox intenta acercarse al bebé de Jordan. J.D. tiene otros pensamientos sobre su relación con Jamie. Además, un sueño de Elliot perturba a Turk. El Dr. Cox intenta acercarse al bebé de Jordan.
Episodio 21: Mi reina del drama
Un incidente inesperado amenaza con romper las preparaciones de la boda entre Carla y Turk. Mientras, J.D. se da cuenta de que Jamie es una reina del drama y el Dr. Cox es obligado a dar un curso sobre la comunicación del doctor con el paciente.
Episodio 22: Mi trabajo ideal
Un antiguo compañero visita a J.D. y a Turk, lo que provoca que se metan en problemas como en los viejos tiempos. Por su parte, el Dr. Cox descubre algo sobre el bebé de Jordan. Además, Elliot se convierte en la última víctima de la ira verbal del Dr. Kelso.
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