La Tercera Temporada de Héroes se estrenó el 22 de septiembre de 2008 tiene 25 episodios divididos en dos volúmenes (III y IV).

Volumen III: Villanos

Episodio 1: El segundo advenimiento
Mientras Peter y Matt descubren la identidad de la persona que disparó a Nathan, Sylar hace una visita a Claire con el fin de conseguir su habilidad regenerativa. Por su parte, Hiro y Ando descubren un secreto sobre la familia Nakamura. Gracias a Maya, Mohinder realiza un gran descubrimiento que podría cambiar el mundo o destruirlo.

Episodio 2: El efecto mariposa
Sylar se enfrenta a Elle en el edificio de la Compañía, causando la fuga de doce criminales. Mientras tanto, Claire descubre algo inesperado sobre su habilidad y Hiro, decidido a recuperar el secreto familiar, viaja con Ando hasta París persiguiendo a la ladrona Daphne. Mohinder ve como su investigación y su relación con Maya evolucionan a grandes pasos, pero con consecuencias ocultas, Tracy pronto descubrirá que no está exenta de poderes, y Matt, atrapado en un territorio desconocido, encuentra un guía que le ayudará.

Episodio 3: Uno de los nuestros, uno de los suyos
Cuando cuatro despiadados y poderosos villanos (Knox, Flint, El Alemán y Jesse) deciden robar un banco y tomar rehenes, Angela envía a Noah y a su sorprendente nuevo socio. Determinado para acabar con el catastrófico futuro, Peter tendrá que encontrar primero lo que perdió en el camino. Mientras tanto, Hiro y Ando seguirán a Daphne hasta Alemania para dar con la fórmula, pero allí se encontrarán con el Haitiano.

Episodio 4: Me he convertido en la muerte
Habiendo visto un futuro dónde casi todo el mundo tiene poderes, un mundo destinado a destruirse, Peter decide prevenir a la tierra de su terrible final a cualquier precio. Para eso tomará un oscuro poder y muy difícil de utilizar, apostando (de manera errónea) que no se destruirá él o a la gente que quiere en el intento. Después de haber permitido que la mitad de la fórmula de Angela fuera robada, Hiro y Ando intentarán descubrir el villano que contrató Daphne y para ello tendrán que consultar a la persona que más sabe sobre ellos, Adam Monroe.

Episodio 5: Ángeles y monstruos
Armada con un taser y todos los expedientes de su padre, Claire saldrá a la caza de su primer objetivo, Stephen Canfield, uno de los villanos fugados del Nivel 5 quién tiene la habilidad de crear agujeros negros, pero también de cerrar otros. Mientras tanto, Peter no controlara el "hambre" que obtuvo con el poder de Sylar. Frustrado al no haber podido conseguir datos sobre la fórmula al interrogar a Adam, Hiro tomara una gran decisión al unirse con Daphne y su nuevo socio Knox.

Episodio 6: La luz que se muere
Impresionados ante la dureza, el Villano Knox y Daphne se llevarán a Hiro, entre otros a las instalaciones de Pinehearst, y les darán una misión. Con Angela y La Compañía paralizados por los recientes eventos, Peter irá directamente a Pinehearst para obtener respuestas, y todo cambiará cuando tenga un encuentro de lo más chocante.

Episodio 7: Eris quod sum
Atrapados y aterrorizados, Nathan y Tracy combatirán por su vida contra un muy cambiado y monstruoso Suresh, para poder liberarse y ya de paso liberar a Maya y otros sujetos de prueba del buen doctor. Elle volverá a electrizarnos, algo que supondrá un gran impacto para Claire y su familia. Mientras tanto, enterada de la derrota de Peter por parte de sus rivales de Pinehearst, Angela intentará convencer a Sylar para que salve a su hermano.

Episodio 8: Villanos
Para prepararse ante la confrontación, Hiro seguirá al respetado, hombre de negocios, marido y padre, Arthur Petrelli, en los días antes de su muerte. Para descubrir lo que le motivó a crear la compañía rival Pinehearst y dejar en jaque a Angela. Más tarde descubriremos a un Sylar, horrorizado y arrepentido por su asesinato y lo que hubiera significado un momento en el que tal vez hubiera parado su carrera por conseguir habilidades; pero en su camino se cruzan Noah Bennet y Elle.

Episodio 9: Se aproxima
Después de un preventivo ataque contra Hiro y Ando en África, Arthur Petrelli ordena a Knox y Flint que de caza a su hijo Peter y su nieta Claire. Nathan está conmocionado al descubrir que su padre aún sigue vivo y dirige un malvado grupo que llevará a cabo una destrucción a escala mundial. Mientras tanto, en las entrañas de Pinehearst, Sylar tendrá un enfrentamiento contra Elle.

Episodio 10: El eclipse, parte 1
Un poderoso eclipse cubrirá el mundo en una sombra que tendrá grandes consecuencias en los héroes y sus habilidades. Tras reunir a Sylar y Elle, Arthur los enviará en la búsqueda de Claire para que la traigan junto a él. Matt, Hiro y Ando tendrán que formar equipo para seguir a Daphne a su originario pueblo en Lawrence, Kansas, allí descubrirán lo qué la liga a Arthur.

Episodio 11: El eclipse, parte 2
El impacto del eclipse aún perdura en las habilidades de algunos héroes como Elle y Sylar quiénes tendrán que enfrentarse contra un vengativo H.R.G. mientras que Claire lucha por sobrevivir. En Haití, Peter y Nathan unirán sus fuerzas con el Haitiano para combatir contra el hermano de éste, Baron Samedi, y Nathan tomará una chocante decisión.

Episodio 12: Nuestro padre
Los héroes se unirán para intentar detener por fin a Arthur Petrelli. Con la esperanza de detener a Arthur, Hiro y Claire viajaran juntos a 16 años al pasado, cuando Kaito entregó a la pequeña Claire a Noah. Mientras tanto, Peter y el Haitiano harán equipo para acabar de una vez por todas con Arthur Petrelli, pero antes que nada tendrán que encontrarse cara a cara con Sylar.

Episodio 13: Dual
Tras el enfrentamiento contra Arthur Petrelli, los hermanos Petrelli se verán combatiendo entre sí y Nathan hará algo que tendrá repercusiones a escala global. Mientras tanto, Sylar retiene a Claire, Noah , Meredith y Angela como rehenes en Primatech y todo acabará en una gran batalla. En otra parte, Ando, Matt y Daphne continúan con sus intentos de rescatar a Hiro y puede que el Dr. Suresh sea su única esperanza.

Volumen IV: Fugitivos

Episodio 14: Peligro inminente
Tres meses después de las explosiones que hicieron desaparecer a Primatech y a Pinesheart todos regresan a sus vidas normales, en cambio, Nathan inicia una cacería de brujas contra los "superdotados" empezando con Tracy, Claire por un lado descubre dicha organización e intenta advertirles a sus amigos, Sylar inicia la búsqueda de su padre biológico, durante la búsqueda Sylar da con una pista que no dejara ir tan fácilmente.

Episodio 15: Confianza y sangre
Después del colapso del avión, la lucha por la libertad comienza, Matt se enterara a través de sus habilidades que alguien muy cercano a él peligra, mientras Peter y Tracy buscando vengarse intentarán tomar a Nathan como rehén, hecho que les costara la libertada de uno, por otro lado Claire liberara una lucha con tal de ayudar a los demás aún teniendo el privilegio de no ser cazada.

Episodio 16: El edificio 26
Mientras Sylar sigue en la búsqueda de su padre biológico acompañado por Luke, Noah Bennet sigue colaborando en la cacería de los demás héroes mientras trata de mantener a Claire fuera del radar del gobierno. Claire descubre el siguiente objetivo de su padre y decide ayudarlo a escapar.

Episodio 17: La guerra fría
Cuando es tomado como rehén, Noah es sometido al estilo único de interrogación de Matt Parkman junto con Peter y Mohinder además se revela cómo se unió al plan gubernamental de Nathan para capturar a los que tienen poderes y su historia con la familia Petrelli. Mientras tanto, los descubrimientos de Matt llevan a Peter a encontrarse cara a cara con el “Cazador”.

Episodio 18: Destapando la verdad
Después de un consejo de "Rebelde", Matt y Peter van al edificio 26 para rescatar a Daphne y encontrar pruebas que puedan exponer los planes del gobierno para capturar a aquellos con poder. Sylar descubre la verdad sobre su madre, recuerdos del pasado de su padre, mientras que el cazador prepara un explosivo plan para ellos.

Episodio 19: La familia Gray
Sylar encuentra a su padre al fin, entonces decide que es el momento de aclarar algunas cosas, Claire debe decidir si ayudar a un enemigo del pasado, Danko explora en los secretos de la familia Petrelli para encontrar detalles importantes, Matt debe encontrar una manera de salir de una situación explosiva.

Episodio 20: Aliento mortal
La identidad de "Rebel" sera descubierta, Noah quiere que Danko deje libre a Tracy con la esperanza de que los conduzca con Rebel. Hiro y Ando continúan con la misión que Rebel les ha encomendado, para mantener seguro el nuevo héroe pero después de esto uno de ellos volverá a ser el mismo de antes, mientras tanto Rebel huye junto con Tracy pero al final ocurrirá un suceso inesperado.

Episodio 21: En manos de Dios
Angela se verá en la obligación de esconderse con Peter en una iglesia hasta alcanzar el estado de paz que necesita para conseguir las respuestas demandantes, mientras tanto Claire y Nathan escondidos en México intentarán reconciliar su relación de padre e hija, Danko tendrá a un peculiar compañero con el cual terminara cooperando para un suceso que podría tener futuras catastróficas consecuencias.

Episodio 22: Enfréntate a lo desconocido
Dispuesto a hacer pagar a Danko, Matt se verá envuelto en un embrollo que terminara golpeando a Danko en lo más profundo de su ser, Angela ya decidida a lo que debe de hacer comenzará a reunir a diversas personas y desenterrar los demonios de su pasado, por otra parte Sylar comienza un juego peligroso que pondrá en peligro el matrimonio de Noah.

Episodio 23: 1961
Siguiendo el sueño de Angela como guía Peter, Nathan, Claire y Noah se encuentran desenterrando toda la verdad oculta detrás de Angela y su pasado, mientras Angela luego de tener uno de los peores recuerdos de su infancia, en los que aparece el Dr. Suresh (padre)y como sus estudios influirían en la creación de la compañía "primatech"; Angela iniciara una búsqueda que tal vez no pueda llegar a ser tan agradable con una sorpresa impresionante, por último Sylar ha iniciado unos y desconocidos objetivos utilizando su nueva habilidad de metamorfo.

Episodio 24: Yo soy Sylar
Sylar se verá enfrentando las propias consecuencias de su habilidad de metamorfo, por otra parte Hiro pronto descubre que su habilidad tiene efectos secundarios letales, mientras tanto Nathan intentará descubrir quién es su amigo tan familiar.

Episodio 25: Un hilo invisible
Con todo los elementos a su favor Sylar comenzara a ejecutar su plan macabro, Nathan unirá fuerzas con Peter para de una vez derrocar a Sylar, por un lado todos nuestros héroes finalmente recurrirán a Parkman como la única esperanza de salvar a Nathan y frenar a Sylar.

Segunda Temporada
Primera Temporada 

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