La tercera temporada de Scrubs se estrenó el 2 de octubre de 2003 y tiene 22 episodios.

Episodio 1: Mi chica americana
J.D. les pide ayuda a sus colegas para tratar a un paciente bastante infrecuente. Por otro lado, Elliot toma medidas drásticas para cambiar su suerte.

Episodio 2: Mis Journy
Elliot trata de nuevo de encontrar un punto medio entre su vida sentimental y su carrera. Mientras Carla y Turk están planeando los detalles de su boda, J.D. siente que está perdiendo un amigo.

Episodio 3: Mi Moby Dick
El doctor Cox tratará de encontrar un pediatra para su hijo. Mientras, los jóvenes médicos tendrán a cargo a otros médicos internos.

Episodio 4: Mi noche de suerte
La relación de Elliot con Sean se pone a prueba cuando comienzan a contarse sus secretos, Mientras, J.D. deberá hacer frente a sus sentimientos hacia Elliot.

Episodio 5: Mi queridísimo hermano
El amor familiar comienza a darle problemas a J.D. cuando su hermano Dan regresa a la ciudad. Elliot y Carla comienzan a sentirse explotadas en una clínica veterinaria.

Episodio 6: Mi consejo para ti
Un misterioso visitante del hospital atrae la atención de J.D. mientras que Turk y el hermano de Carla no dejan de discutir. Por otro lado, JD comienza a hacérsele difícil estar todo el rato con Elliot.

Episodio 7: Mis 15 segundos
El doctor Cox y JD pasan más tiempo juntos fuera del trabajo a consecuencia de la relación que mantiene con la hermana pequeña de su esposa. Por otra parte, Elliot y Carla son más amigas que nunca y el resto se pregunta el motivo de esta nueva e intensa amistad.

Episodio 8: Mi amigo el doctor
Turk se enfrenta por primera vez de una operación sin ningún tipo de supervisión y lo hace correctamente. Sin embargo, en su vida personal las cosas no le salen tan bien, y es que respecto al tema de tener un hijo con Carla no le parece tan buena idea.

Episodio 9: Mi sucio secreto
Elliot le hace un examen pélvico a una mujer y la paciente tienen un orgasmo, lo que provoca que la doctora se avergüence. Por su parte, Carla le pide a Turk que no tengan sexo hasta el día de la boda. Además, Carla ayudará a Elliot a superar su represión verbal.

Episodio 10: Mi regla del pulgar
La tensión entre el doctor Cox y Turk aumenta tras una fuerte discusión por el transplante del hígado de un paciente. Mientras J.D. intenta establecer algunos límites en su relación con Danni.

Episodio 11: Mi borrón y cuenta nueva
JD intenta romper con Danni, pero nunca ha roto con nadie. Si bien Perry - por primera vez en mucho tiempo - es feliz, y se refleja en su comportamiento en el hospital. Ahora tiene el problema de no tener a nadie interesado en sus lecciones y descubre que sólo puede enseñar por miedo.

Episodio 12: Mi catalizador
Con la llegada del nuevo doctor Kevon Casey, J.D. reevalúa a su mentor. El doctor Cox intenta medirse con su antiguo compañero de residencia, el doctor Casey, para ver quién es el mejor.

Episodio 13: Mi dios de porcelana
Elliot se queda perpleja cuando un simple procedimiento le hace dejar de plantearse su plan sobre la carrera. Por otro lado, Turk le pide a JD que sea su padrino en la boda.

Episodio 14: Mi Screwup
Es el primer cumpleaños de Jack, y los hermanos de Jordania,  Dani y Ben están en la ciudad. Dr. Cox dice a JD que deje salir a un paciente media hora y haga el chequeo de leucemia de Ben, pero cuando un paciente muere, el Dr. Cox culpa a JD y se apodera de sus pacientes.

Episodio 15: Mi mentor atormentado
Hay una batalla de sexos cuando la nueva cirujano Dr. Miller acusa a Turk de ser un 'astuto machista"y provoca a Elliot a preguntar dónde está exactamente en el mundo feministia. Carla debe enseñar una clase obligatoria de acoso sexual.

Episodio 16: Mi mariposa
Una mariposa siempre presente plantea la cuestión de lo que podría haber ocurrido diferente mientras Turk busca su suerte y Elliot caza juguetes de peluche de su paciente.

Episodio 17: Mi hora de mentira
Carla se cuestiona sus sentimientos hacia Turk cuando regresa un viejo amigo suyo. Por su parte, el Dr. Cox trata de hacer ver a Elliot que su paciente está usándola para poder conseguir drogas.

Episodio 18: Su historia II
Las médicos conducen a los chicos hacia la locura con la realidad de que ellas tienen todo el poder. Por otra parte, Elliot está trsite porque no podrá hacer de payaso para la zona de pediatría debido a su volumen de trabajo, así que JD decide hacer de payaso por ella.

Episodio 19: Mi decisión más decidida
Elliot y JD se acuestan, pero para su sorpresa Sean ha vuelto a la ciudad y se presenta en su casa. JD vuelve con Danni para ahogar sus penas por el rechazo de Elliot, que se vuelca con Sean tras su regreso.

Episodio 20: Mi culpa
Las emociones aumentan a medida que JD trata de contarle a Elliot como se siente y el día de la boda de Carla con Turk se acerca. Mientras, JD rompe con Danni por que su relación es insostenible.

Episodio 21: Mi autoexamen
Tras conseguir a Elliot, JD se da cuenta de que no la quiere. La boda de Turk y Carla está próxima y a Turk no se le ocurre nada que escribir para los votos. Por otro lado, la relación entre el Doctor Cox y su esposa no atraviesa sus mejores momentos.

Episodio 22: La boda de mi mejor amigo
El día de la boda llega, pero Carla y Turk descubren pronto que todos los planes del mundo no les han preparado para este día. Mientras, J.D. lucha para reparar su relación con Elliot.

Segunda Temporada
Primera Temporada

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