La segunda temporada de Mentes Criminales se estrenó el 20 de septiembre de 2006 y tiene 23 episodios.

Episodio 1: El rey pescador (parte 2)
El equipo sigue las pistas del psicópata que les amenaza con la intención de poder salvar a su última víctima. Gideon decide no centrarse en los aspectos personales del caso, y de hecho les pide que hagan el perfil del asesino como si estuvieran haciendo el de cualquier otro.

Episodio 2: Alerta de padres P911
Un chico que desapareció cuando solo tenía un año de edad aparece en una página de pornografía infantil para ser subastado. Un antiguo miembro de la UAC le pide al grupo que ayude en la investigación que intentará salvar al chico, antes de que su captor lo subaste y se dé a la fuga.

Episodio 3: La tormenta perfecta
La policía local busca a un criminal que ha cometido una serie de asesinatos, en los que la víctima es sometida a violación y tortura, con la singular firma de enviar un DVD a la familia de la víctima, en las que filma las vejaciones a las que la ha sometido. Sin embargo, al aparecer el equipo en escena, se da cuenta, por la manera en que están filmados de que se trata de dos personas, una débil y otra dominante, al notar que la cámara no está estática, sino en movimiento.

Episodio 4: Psicodrama
El equipo es llamado para investigar una serie de robos a unos bancos tras ser evidente que el motivo no es el dinero. Dado que el ladrón abusa de las víctimas haciéndoles desnudarse antes de abandonar la escena del crimen.

Episodio 5: Secuelas
El equipo investiga a un violador que ha estado atacando a mujeres en colegios religiosos y que de repente ha parado por seis meses, para empezar a atacar a mujeres de más de 30 años. Durante la investigación Elle comienza a involucrarse demasiado emocionalmente, lo que la lleva a tomar una decisión que le podría poner fin de su carrera.

Episodio 6: La leyenda
El equipo viaja a una pequeña comunidad en Texas para investigar los asesinatos de unos niños, que han sido muertos a golpes dentro del bosque que rodea la ciudad. Mientras, Elle y Hotch se quedan en Quántico resolviendo que hacer a continuación, luego de la investigación interna a la que se vio sometida Elle.

Episodio 7: Pueblo chico
Un hombre secuestra a tres adolescentes y las encierra en una habitación. Les advierte que sólo pueden salir dos de ellas, por lo que tienen que elegir a cual mataran. El equipo coge el caso cuando una de las madres viaja a Quántico, para pedirle ayuda a JJ, antes de que sea muy tarde.

Episodio 8: El planeta vacío
El equipo viaja a Seattle para identificar y cazar a un terrorista que se ha dedicado a amenazar a la ciudad con diversas bombas. Trabajarán mano a mano con un escritor de novelas de ciencia ficción que parece haber sido la inspiración del terrorista e intentarán determinar por qué elige esos objetivos.

Episodio 9: La última palabra
Al principio del episodio vemos que una nueva agente ha sido incorporada al equipo, pero sin que nadie lo supiera, por ello Hotch se sorprende al encontrarla en su oficina, y se niega de plano a aceptarla como un nuevo miembro, por lo que deberá demostrar sus tenacidad. A su vez, se solicita la participación del equipo en St. Louis, donde dos asesinos seriales con distinto MO parecen estar compitiendo entre sí. Con la ayuda de los medios, y en base a un patrón en el comportamiento de los criminales, utilizaran la conexión que han creado para atraparlos.

Episodio 10: Lecciones aprendidas
Luego de que la unidad de delitos contra las drogas (DAE) encontrara una casa, en la que en lugar de metanfetamina se estaba fabricando una bomba biológica, el equipo interviene. Gideon, Reid y, la nueva miembro, Prentiss viajan a la bahía de Guantánamo para interrogar al posible líder de esta célula terrorista. Dado que el preso posee valiosa información que podría ayudar a prevenir un desastre nacional, pero que no quiere colaborar, Gideon debe usar todos sus conocimientos apoyado por Prentiss, que al dominar el árabe con fluidez, puede notar matices en la manera de hablar del prisionero; y por Reid quien se encarga de analizar el lenguaje corporal del prisionero para determinar la veracidad de lo que dice. Mientras, Hotch y Morgan siguen el rastro de la bomba y García junto con JJ buscan datos en la red.

Episodio 11: Sexo, nacimiento y muerte
Un muchacho alcanza al Dr. Reid de camino al trabajo, lo saluda reconociéndolo como el seminarista que diserto sobre conductas desviadas y sadismo, por lo que comienza ha hacerle algunas preguntas que terminan incomodando a los dos y haciendo que el muchacho finalmente huya. Cuando Reid llega a Quántico, inmediatamente se pone a intentar encontrar al joven, dado que tiene el presentimiento de que puede calzar dentro del patrón de un posible asesino serial. Al poco tiempo, sus temores se ven confirmados al encontrarse varios cuerpos de prostitutas cerca del Capitolio, en Washington.

Episodio 12: Perfilador perfilado
Morgan viaja a Chicago como todos los años para celebrar el cumpleaños de su madre. Y como siempre visita a sus jóvenes amigos del Centro que lo ayudo a surgir en su juventud y una tumba de un chico desconocido fallecido hace 15 años, no sabe que esto de algún modo termina incriminándolo en una seguidilla de asesinatos, gracias a un perfil que el mismo Gideon envió a la policía local. El equipo, entonces, viaja para ayudarlo a desentrañar el misterio aunque eso puede significar que tengan que indagar en el pasado de Morgan, cosa que a él no le agrada en lo más mínimo.

Episodio 13: Sin salida
Un torso y un brazo son encontrados cerca de una carretera en Texas en el mismo sitio que se han encontrado otros restos cada ciertos años. Luego de una ardua investigación el equipo logra determinar que el asesino es un sádico que droga a sus víctimas con “la droga de la violación”, es decir, las imposibilita para moverse, pero no para ver y sentir lo que pasa mientras las asesina. Aun cuando Gideon logra descubrir todo lo referente al sujeto, éste, tras un elaborado plan logra escapar.

Episodio 14: El gran juego
Al final de la temporada del Super Bowl una pareja es brutalmente asesinada, aparentemente por dos sujetos, uno de los cuales llama al 911 para advertir que por su codicia serán castigados. Mientras los miembros de la unidad están en la escena del crimen, García descubre que el asesino ha subido a la red un video del asesinato, el cual rápidamente se vuelve muy popular por su realismo. Asombrados los miembros del equipo intentan descifrar la voz de la grabación, y entretanto, se produce otra llamada al 911. Una mujer que estaba teniendo una aventura es secuestrada y su amante asesinado.

Episodio 15: Apocalipsis
Este capítulo se centra en como el equipo trabaja para rescatar a Reid del sádico criminal que lo tiene secuestrado. Lo que los pone a un más frenéticos es que mientras están en la casa de éste, frente a una enorme cantidad de pantallas en las que puede verse a diferentes personas, de repente en una de ellas aparece Reid siendo torturado para que confiese sus pecados. Afortunadamente, Reid no ha perdido la presencia de ánimo suficiente como para intentar comunicar su paradero a sus amigos.

Episodio 16: Miedo y odio
Se solicita la presencia del equipo en un suburbio Nueva York dado que se han estado produciendo violentos asesinatos, hasta ahora a cuatro jóvenes negras. Mientras las activistas negros comienzan a insitigar por falta de apoyo e invistigación de parte de las autoridades al tratarse de, evidentemente, crímenes racistas. Entretando Reid comienza a sufrir de algunos temores producto de su secuestro.

Episodio 17: Angustia
El equipo es solicitado en Houston para investigar una serie de extraños y aleatorios asesinatos que han ocurrido cerca de sitios en construcción y edificios abandonados. Dadas las circunstancias pareciera ser que el asesino es un vagabundo, pero nuevos elementos hacen ver la necesidad de reestructurar el perfil. Ahora puede apreciarse un cambio en la actitud de Reid.

Episodio 18: Jones
En este capítulo vemos como el Dr. Reid, aun muestra secuelas del secuestro que sufrió en capítulos anteriores. Mientras el equipo se enfrenta a un asesino que está emulando a Jack el Destripador, pero en Nueva Orleans.

Episodio 19: Cenizas y polvo
Hay un pirómano aterrando la ciudad pero contrario a los perfiles de estos criminales, éste en particular no solo quema casas, sino familias y se mantiene presente mientras esto ocurre. Todo parece indicar que está relacionado de alguna manera con un grupo medioambiental, cuyo líder hace que Hotcher se lo tome de manera muy personal.

Episodio 20: Honor entre ladrones
En este episodio el equipo se enfrenta a la mafia rusa, la cual, al parecer, está fraguando secuestros, bastante brutales, entre criminales rusos que han llegado como inmigrantes. En este episodio aparece la madre de Prentiss.

Episodio 21: Temporada de caza
Un par de hermanos asesinos se dedica a cazar personas, con arcos recurvos, por los bosques de Idaho.

Episodio 22: Legado
Sesenta y tres personas sin hogar han desaparecido misteriosamente, sin que le preocupe a nadie, salvo al detective que tiene asignado vigilarlas. Lamentablemente, dado que padece un desorden de tipo obsesivo no es tomado en cuenta por sus superiores, lo que lo determina a ir directamente a conseguir la ayuda con el equipo.

Episodio 23: Sin salida Parte 2
El desaparecido asesino Frank del episodio 13 vuelve a las andadas al asesinar a una querida amiga de Gideon, haciéndolo parecer como si fuera él el culpable. El hecho de que un profiler se dedique a meterse en la cabeza de asesinos psicópatas no ayuda mucho para exonerar a Gideon, por lo que el equipo, sabiendo que es Frank, se dedica tras bastidores y ocultando a Gideon, a encontrarlo, y también a Jane, razón por la cual hasta ahora había dejado de matar.

Primera Temporada

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